現(xiàn)有知識科學(xué)、信息科學(xué)和材料科學(xué)三個研究院。

知識科學(xué)學(xué)院包括社會知識,知識媒體,系統(tǒng)知識三個專業(yè)，跨學(xué)科廣泛招收文理科學(xué)生。信息科學(xué)學(xué)院有理論情報科學(xué)，人間信息處理，計算機(jī)系統(tǒng)與網(wǎng)絡(luò)，軟件科學(xué)，人工智能五個專業(yè)方向，跨學(xué)科廣泛招收軟件，理工類學(xué)生，該校在計算數(shù)學(xué)，數(shù)理理論領(lǐng)域位居世界研究的最前沿。材料科學(xué)有物理，化學(xué)，生物工程等專業(yè)，在生物工程，納米技術(shù)等領(lǐng)域享譽(yù)世界。下圖是該校王牌專業(yè)情報科學(xué)研究科在日本全部高校中的研究實(shí)力為例：其中軟件方向排在全日本第五，高校第四（東京工業(yè)大學(xué)有兩個部門進(jìn)入前三）前四位分別為東京大學(xué)，東京工業(yè)大學(xué)·工學(xué)部，東京工業(yè)大學(xué)·理學(xué)部，京都大學(xué)人工智能方向排在全日本第六，高校第四前五位分別為“日本政府經(jīng)濟(jì)產(chǎn)業(yè)省產(chǎn)業(yè)技術(shù)綜合研究所·電子技術(shù)綜合研究所”，NTT通信科學(xué)技術(shù)研究所，京都大學(xué)，東京工業(yè)大學(xué)，東京大學(xué)；前兩名性質(zhì)類似于中國政府旗下的中科院與企業(yè)化的中國電信，高校中JAIST同樣排名第四計算相關(guān)和基礎(chǔ)理論，排在全日本第四，高校第四前三位分別為東京工業(yè)大學(xué)，京都大學(xué)和東京大學(xué)從綜合榜單考慮，日本情報學(xué)科的最前沿研究，基本被東京大學(xué)，京都大學(xué)，東京工業(yè)大學(xué)和北陸先端科學(xué)技術(shù)大學(xué)院大學(xué)這四所大學(xué)院所占據(jù)