復旦大學現(xiàn)有復旦學院、中國語言文學系、哲學學院、歷史學系、文物與博物館學系、外國語言文學學院、法學院、國際關(guān)系與公共事務學院、新聞學院、經(jīng)濟學院、管理學院、社會發(fā)展與公共政策學院、 復旦大學新校區(qū)數(shù)學科學學院、物理學系、技術(shù)物理系、化學系、高分子科學系、環(huán)境科學與工程系、信息科學與工程學院、軟件學院、光源與照明工程系、材料科學系、力學與工程科學系、生命科學學院、上海醫(yī)學院、公共衛(wèi)生學院、藥學院、護理學院、國際文化交流學院、計算機科學技術(shù)學院、藝術(shù)設計系等29個直屬院系，設有本科專業(yè)70個，一級學科博士學位授權(quán)點24個，博士學位授權(quán)學科、專業(yè)點153個（其中自設29個，專業(yè)學位1個），碩士學位授權(quán)學科、專業(yè)點225個（其中自設50個，專業(yè)學位8個），并設有25個博士后科研流動站。 學校學科門類齊全，現(xiàn)有哲學、理論經(jīng)濟學、中國語言文學、新聞傳播學、數(shù)學、物理學、化學、生物學、電子科學與技術(shù)、基礎醫(yī)學、中西醫(yī)結(jié)合等一級學科國家重點學科；金融學、產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟學、政治學理論、國際關(guān)系、中國近現(xiàn)代史、歷史地理學、計算機軟件與理論、內(nèi)科學（心血管、傳染病、腎?。?、兒科學、神經(jīng)病學、影像醫(yī)學與核醫(yī)學、外科學、婦產(chǎn)科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計學、藥劑學、社會醫(yī)學與衛(wèi)生事業(yè)管理等二級學科國家重點學科。 學校現(xiàn)有中國語言文學研究所、中國社會主義市場經(jīng)濟研究中心、美國研究中心、歷史地理研究所、人口研究所、世界經(jīng)濟研究所、金融研究院、數(shù)學研究所、現(xiàn)代物理研究所、遺傳學研究所、上海市心血管病研究所、上海市放射醫(yī)學研究所、肝癌研究所等306個各類研究機構(gòu)，有先進光子學材料與器件、專用集成電路與系統(tǒng)、應用表面物理、遺傳工程、醫(yī)學神經(jīng)生物學等5個國家重點實驗室，省、部級研究機構(gòu)39個。

復旦大學的院系有：復旦學院 ，中國語言文學系，歷史學系，文物和博物館系，旅游系 ，哲學學院，經(jīng)濟學系，世界經(jīng)濟系，國際金融系，保險系，公共經(jīng)濟學系，國際政治系，公共行政系，政治學系，法學院，新聞學系，廣告學系，廣播電視系，傳播學系，英語語言文學系，德語語言文學系，俄語語言文學系，翻譯系，法語語言文學系，日語語言文學系，朝鮮語（韓語），大學英語教學部，社會發(fā)展與公共政策學院，藝術(shù)設計系，數(shù)學科學學院，物理學系，現(xiàn)代物理研究所，化學系，高分子科學系，環(huán)境科學與工程系，生態(tài)與進化生物學系，遺傳學和遺傳工程系，微生物學與微生物工程系，生物化學系，生理學與生物物理學，電子工程系，通信科學與工程系，光科學與工程系，光源與照明工程系，微電子學系，計算機科學技術(shù)學院，材料科學系，力學與工程科學系，財務金融系，會計學系，統(tǒng)計學系，產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟學系，企業(yè)管理系，信息管理與信息系，管理科學系，市場營銷系，上海醫(yī)學院，公共衛(wèi)生學院，藥學院，護理學院，軟件學院，微電子研究所，國際文化交流學院，復旦大學上海視覺藝術(shù)學院。