2005年1月，復(fù)旦大學(xué)成立數(shù)學(xué)科學(xué)學(xué)院，設(shè)有數(shù)學(xué)系、應(yīng)用數(shù)學(xué)系、金融數(shù)學(xué)與控制科學(xué)系、信息與計(jì)算科學(xué)系、概率統(tǒng)計(jì)與精算系和數(shù)學(xué)研究所。

復(fù)旦大學(xué)數(shù)學(xué)學(xué)科是全國最早具有國務(wù)院學(xué)位委員會(huì)規(guī)定的數(shù)學(xué)學(xué)科全部博士點(diǎn)的學(xué)科單位，涵蓋了全部五個(gè)二級(jí)學(xué)科：基礎(chǔ)數(shù)學(xué)、應(yīng)用數(shù)學(xué)、運(yùn)籌學(xué)與控制論、計(jì)算數(shù)學(xué)、概率論與數(shù)理統(tǒng)計(jì)?；A(chǔ)數(shù)學(xué)、應(yīng)用數(shù)學(xué)、運(yùn)籌學(xué)與控制論是首批國家重點(diǎn)學(xué)科，2007年，數(shù)學(xué)學(xué)科成為國家一級(jí)重點(diǎn)學(xué)科。在2002年、2007年、2012年的全國一級(jí)學(xué)科整體水平評(píng)估中綜合排名均名列第二。從學(xué)術(shù)界通用的ESI指標(biāo)，復(fù)旦數(shù)學(xué)屬于前1%學(xué)科。復(fù)旦大學(xué)數(shù)學(xué)學(xué)科1993年被國家教委批準(zhǔn)為基礎(chǔ)學(xué)科人才培養(yǎng)基地，在1999年和2004年的兩次評(píng)估中被評(píng)為優(yōu)秀基地。數(shù)學(xué)學(xué)科在全國最早設(shè)立博士后流動(dòng)站，2005年和2010年被評(píng)為全國優(yōu)秀博士后流動(dòng)站。2009年，復(fù)旦大學(xué)數(shù)學(xué)科學(xué)學(xué)院榮獲全國教育系統(tǒng)先進(jìn)集體。復(fù)旦大學(xué)數(shù)學(xué)學(xué)科堅(jiān)持把科研工作（包括基礎(chǔ)研究和應(yīng)用開發(fā)研究）作為學(xué)科建設(shè)的重點(diǎn)，在基礎(chǔ)數(shù)學(xué)的若干重要前沿領(lǐng)域取得國際領(lǐng)先的成果，在應(yīng)用基礎(chǔ)和應(yīng)用開發(fā)方面也有重要突破。先后獲國家自然科學(xué)獎(jiǎng)10項(xiàng)，其中二等獎(jiǎng)4項(xiàng)；國家科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)1項(xiàng)，二等獎(jiǎng)2項(xiàng)；省部級(jí)一等獎(jiǎng)22項(xiàng)。谷超豪院士2009年獲國家最高科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)。 學(xué)院先后有3名教授應(yīng)邀在四年一度的國際數(shù)學(xué)界大會(huì)上作45分鐘學(xué)術(shù)報(bào)告，分別是洪家興院士（2002年）、陳恕行院士（2010年）、傅吉祥教授（2010年）。