環(huán)境科學與工程學院是三校合并后于2000年9月7日由華中理工大學環(huán)境科學與工程系、土木工程系暖通空調(diào)專業(yè)、武漢城市建設(shè)學院環(huán)境工程系和同濟醫(yī)科大學環(huán)境醫(yī)學研究所（虛體）組建成立。

武漢城市建設(shè)學院環(huán)境工程系前身是武漢建材工業(yè)學院給排水工程專業(yè)，創(chuàng)建于1952年。1960年轉(zhuǎn)為本科，1971年10月與北京建材工業(yè)學院合并后改名為湖北建筑工業(yè)學院建工系，后更名為武漢建材工業(yè)學院建筑工程系。1979年被授予市政工程碩士點。1983年新建武漢城市建設(shè)學院后，定名為環(huán)境工程系。在給排水專業(yè)本科和市政工程碩士點基礎(chǔ)上，1985年開設(shè)環(huán)境工程專業(yè)，1987年開設(shè)城市燃氣專業(yè)，1993年開設(shè)暖通空調(diào)工程專業(yè)。華中理工大學環(huán)境科學與工程系1996年開設(shè)環(huán)境工程碩士點，土木工程系1997年開設(shè)供熱通風與空調(diào)工程專業(yè)和供熱供燃氣通風與空調(diào)工程碩士點。