學校發(fā)展歷史源于1909年晚清郵傳部上海高等實業(yè)學堂（南洋公學）船政科，是中國高等航海教育發(fā)軔地，1912年成立吳淞商船學校，1928年更名為吳淞商船?？茖W校，1959年交通部在滬組建上海海運學院，2004年經(jīng)教育部批準更名為上海海事大學。

為更好地服務上海國際航運中心建設和國家航運事業(yè)發(fā)展，根據(jù)上海市高校布局結(jié)構調(diào)整規(guī)劃，上海海事大學主體搬遷臨港新城。2004年11月19日，新校建設破土動工，并于2008年10月基本建成。2009年學校研究生教育學院整體搬遷臨港，并完成首屆招生?，F(xiàn)有校園占地面積133萬余平方米，總建筑面積60萬平方米，綠化率52%，水域面積8萬平方米。新校區(qū)及其完善的功能配套設施將成為學校更好地為上海國際航運中心建設、為中國和世界海運事業(yè)發(fā)展服務的一個新的平臺 。