1948年9月，張本仁由閉塞的小縣城來到當(dāng)時國民政府首都南京，在學(xué)校又受到進步同學(xué)的影響，初步了解到***在領(lǐng)導(dǎo)全國進行推倒壓在人民頭上的三座大山和建立新中國的偉大革命斗爭。

通過參加地下黨組織的轟轟烈烈的南京學(xué)生反內(nèi)戰(zhàn)、反饑餓游行示威，以及1949年4月揭露國民黨搞假和平陰謀的“四·一”運動等斗爭的實踐，打開了他的眼界，使他第一次能擺脫僅考慮個人前途的局限，開始關(guān)心國家的前途、人民的命運。1949年4月23日南京解放后，中央大學(xué)改名南京大學(xué)。學(xué)校為學(xué)生和教師系統(tǒng)開了論新民主主義的課程，經(jīng)常結(jié)合形勢和任務(wù)組織學(xué)習(xí)革命理論和黨的方針政策。學(xué)生作為一支重要力量參與學(xué)校的改革、鎮(zhèn)反與思想改造運動，參與社會穩(wěn)定金融、鎮(zhèn)反與土地改革的宣傳活動。部分學(xué)生包括張本仁還被派到主持南京市“三反”和“五反”運動的增產(chǎn)節(jié)約委員會參加許多工作組工作。當(dāng)時他在該委員會秘書組工作，有機會受到省、市領(lǐng)導(dǎo)的親自教誨，他們簡樸的生活，為國為民忘我的工作精神和行為，以及對青年的關(guān)懷，給予張本仁終身難忘的深刻教育。通過這樣系統(tǒng)的革命理論教育及斗爭實踐，他逐漸懂得了只有***領(lǐng)導(dǎo)的革命才能推翻封建主義、帝國主義和官僚資本主義對中國的統(tǒng)治，才能為建設(shè)新中國和徹底改善人民生活鋪平道路。同時，結(jié)合個人在革命斗爭中的搖擺性，以及自己與先進左派同學(xué)的差距，根據(jù)毛**階級分析的原理，分析了剝削階級家庭和教會學(xué)校資產(chǎn)階級教育對自己的影響，認識了個人奮斗思想的危害?？傊?，張本仁在大學(xué)階段接受了黨的極其重要的政治思想教育，為他以后通過不斷的馬列主義理論學(xué)習(xí)和長期工作實踐，逐步樹立起辯證唯物主義世界觀，能將振興中華、服務(wù)于人民的根本利益作為個人工作的動力和生活的價值，確立了堅定信念和打牢了思想根基。當(dāng)然，張本仁在大學(xué)階段還接受了地質(zhì)科學(xué)的啟蒙和基礎(chǔ)教育。除了課堂教學(xué)外，他得益最大的是南京大學(xué)那時重視的實踐教育。他在校學(xué)習(xí)期間多次去寧鎮(zhèn)山脈熟悉南方地質(zhì)地層，到華北學(xué)習(xí)北方地層，在皖南參加地質(zhì)填圖實踐。為增進學(xué)生對礦床學(xué)的理解，徐克勤教授親自帶領(lǐng)他們參觀了馬鞍山鐵礦和硫鐵礦、白云鄂博鐵礦、淄博鋁土礦、金嶺鎮(zhèn)鐵礦、招遠金礦、萊西石墨礦、連云港磷礦等十多個各種類型的礦床。為了掌握圍巖蝕變，徐教授曾要求他獨立鑒定了80張薄片。這種理論聯(lián)系實際的學(xué)習(xí)，對他后來的研究工作很有幫助。