建校之初，全校僅有兩個(gè)教學(xué)單位，即1908年成立的美術(shù)學(xué)院和農(nóng)學(xué)院。

1910年，菲律賓醫(yī)科學(xué)校（成立于1907年）并入菲律賓大學(xué)，并于1923年擴(kuò)大為醫(yī)學(xué)院。在建校后的頭10年內(nèi)，該校先后建成了醫(yī)學(xué)系、工程學(xué)院、教育學(xué)院、音樂學(xué)院、法學(xué)院、文學(xué)系、獸醫(yī)學(xué)系等7個(gè)院系，第二任校長(zhǎng)是菲律賓人伊格納西奧·比利亞莫爾（Ignacio Villamor）。他重視課程設(shè)置，希望建立一支在教學(xué)和科研領(lǐng)域均有競(jìng)爭(zhēng)性的教師隊(duì)伍，并逐步使他們菲律賓化。菲律賓大學(xué)在第四任校長(zhǎng)拉斐爾·帕爾馬（Rafael Palma）執(zhí)政期內(nèi)（1923-1934年）發(fā)展較快。校長(zhǎng)積極維護(hù)學(xué)術(shù)自由，但反對(duì)把大學(xué)辦成與世隔絕的象牙塔。1941年12月，菲律賓被日本占領(lǐng)，在第二次世界大戰(zhàn)中，該校校舍遭到破壞，正常的教學(xué)活動(dòng)受到極大影響，當(dāng)時(shí)只有部分院系開課。1945年6月，比恩韋尼多·M·岡薩雷斯博士（Bienvenido M Gonzalez）再次當(dāng)選為校長(zhǎng)后（他曾于1939年起擔(dān)任第六任校長(zhǎng)，1943年被迫辭職），開始制定搬遷校址計(jì)劃。1948年12月，即在校慶40周年時(shí)，設(shè)在馬尼拉市的菲律賓大學(xué)除醫(yī)學(xué)院和衛(wèi)生研究所外，全部遷至大馬尼拉市的另一個(gè)重要城鎮(zhèn)奎松市的迪利曼。1953年，該校根據(jù)克拉克空軍基地（全國(guó)最大空軍基地）的要求，共同設(shè)立菲律賓大學(xué)克拉克空軍基地學(xué)院?，F(xiàn)開設(shè)3個(gè)本科生專業(yè)和3個(gè)研究生專業(yè)。1968年，菲律賓大學(xué)已擁有28個(gè)學(xué)院（分散在3個(gè)校園內(nèi)）和5個(gè)地方性學(xué)院（其中碧瑤學(xué)院規(guī)模最大，自1961年重新組建后，先后開設(shè)9個(gè)本科專業(yè)和兩個(gè)碩士學(xué)位專業(yè)）。1972年11月20日，當(dāng)時(shí)的共和國(guó)總統(tǒng)馬科斯下令對(duì)菲律賓大學(xué)進(jìn)行重大改組，旨在將該校辦成全國(guó)一流大學(xué)，同時(shí)實(shí)施統(tǒng)一和分散相結(jié)合的管理體制，部分學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)獲得自主權(quán)。第十一任校長(zhǎng)薩爾瓦多·P·洛佩斯（Salvador P Lopez）博士于1969年上任后積極推行民主協(xié)商制，擴(kuò)大教學(xué)和科研設(shè)施，增加教職工薪金，建立助學(xué)金制度，學(xué)校規(guī)模進(jìn)一步擴(kuò)大。1973年1月1日，大學(xué)董事會(huì)正式批準(zhǔn)成立第一個(gè)分校——洛斯巴尼奧斯分校，具體落實(shí)分散管理和分校自治的機(jī)構(gòu)改革方案。該分校在馬尼拉以南80公里處，那里是菲律賓主要農(nóng)業(yè)區(qū)和全國(guó)最大的森林自然保護(hù)區(qū)，是開展農(nóng)林專業(yè)教學(xué)和科學(xué)實(shí)驗(yàn)的最佳地區(qū)。1977年，大學(xué)董事會(huì)決定在馬尼拉市建立保健科學(xué)中心，1979年，菲律賓大學(xué)馬尼拉分校正式成立。馬尼拉校園和迪利曼校園位于首都區(qū)，因此，教學(xué)和科研以人文科學(xué)、社會(huì)科學(xué)、自然科學(xué)、技術(shù)科學(xué)和醫(yī)學(xué)為主。同年5月，第三個(gè)分?！咨驰撤中Ｐ汲闪?，該分校位于馬尼拉東南，是漁場(chǎng)和水產(chǎn)養(yǎng)殖基地，因此側(cè)重開辦漁業(yè)、水產(chǎn)業(yè)等專業(yè)。這種因地制宜的辦學(xué)方針既有利于地方和國(guó)家的經(jīng)濟(jì)發(fā)展，也適應(yīng)各地青年的入學(xué)要求。菲律賓大學(xué)于1979年同邦板牙省政府簽署實(shí)施推廣教計(jì)劃，在該省省會(huì)圣費(fèi)爾南多市招收本科生117名，研究生40名，本科生專業(yè)包括經(jīng)濟(jì)學(xué)、工商管理、心理學(xué)，碩士生專業(yè)是管理學(xué)。1982年4月26日，既是分校又是總部所在地的迪利曼校園正式建成。1984年，第二個(gè)推廣教學(xué)點(diǎn)在奧隆加波市開設(shè)管理碩士學(xué)位專業(yè)。