1914年同濟大學(xué)設(shè)土木科始，即開設(shè)有道路施工、鐵路施工課程。

1952年起設(shè)鐵路公路系，設(shè)道路工程、鐵道工程專業(yè)。1982年，率先在全國開設(shè)交通工程專業(yè)；1999年設(shè)立交通運輸專業(yè)（原上海鐵道學(xué)院于1958年招收鐵道運輸本科專業(yè)，1993年按國家教委新目錄修訂改為交通運輸本科專業(yè)）。2000年集中道路與鐵道工程、交通工程、交通運輸、交通信息工程等方面的師資力量，按教育部交通運輸工程一級學(xué)科而建立交通運輸工程學(xué)院。2000年起在交通運輸專業(yè)內(nèi)開設(shè)現(xiàn)代物流方向，2003年起招收現(xiàn)代物流工程專業(yè)本科學(xué)生。學(xué)院現(xiàn)設(shè)有交通工程、交通運輸、物流工程3個本科專業(yè)。2005年起學(xué)院按一級學(xué)科(交通運輸工程類)統(tǒng)一招生。2009年共招收交通運輸工程類本科學(xué)生204人，現(xiàn)在校本科學(xué)生873人。 以數(shù)學(xué)、系統(tǒng)科學(xué)、工程技術(shù)、計算機科學(xué)為基礎(chǔ)，綜合采用規(guī)劃手段、工程設(shè)計手段、管理手段來解決交通系統(tǒng)的問題。由于所面臨的問題復(fù)雜多變，要求學(xué)生具有寬廣的知識面和清晰的思路，對于學(xué)生的靈活處理問題和分析問題的能力具有很大的挑戰(zhàn)。交通工程專業(yè)培養(yǎng)系統(tǒng)規(guī)劃設(shè)計和管理、道路與機場工程設(shè)計與管理、交通信息工程、城市軌道交通工程等方面的專業(yè)人才。其畢業(yè)生可在交通、運輸及其信息通信工程相關(guān)的研究、規(guī)劃、建設(shè)和管理部門從事技術(shù)研發(fā)和行政管理工作。交通工程專業(yè)培養(yǎng)交通系統(tǒng)規(guī)劃設(shè)計與管理、道路與機場工程設(shè)計與管理、交通信息工程、城市軌道交通工程等方面的專業(yè)人才。交通工程專業(yè)畢業(yè)生可在交通、運輸及其信息通信工程相關(guān)的研究、規(guī)劃、設(shè)計、建設(shè)和管理部門從事技術(shù)研發(fā)和行政管理工作。 以管理科學(xué)、計算機科學(xué)為基礎(chǔ)，圍繞交通運輸企業(yè)運營管理、交通運行組織管理（例如城市軌道交通的運行調(diào)度）、交通運輸系統(tǒng)規(guī)劃、政府的產(chǎn)業(yè)政策和行業(yè)管理等方面展開學(xué)習(xí)。重點培養(yǎng)交通運輸企業(yè)技術(shù)和經(jīng)營管理高級人才。交通運輸專業(yè)培養(yǎng)鐵道、軌道交通系統(tǒng)運輸規(guī)劃與管理、綜合運輸系統(tǒng)規(guī)劃與管理等方面的專業(yè)人才。其畢業(yè)生可在交通運輸及相關(guān)的研究、規(guī)劃、設(shè)計、管理部門和運輸企業(yè)從事行政、經(jīng)營管理和技術(shù)方面的工作。交通運輸專業(yè)培養(yǎng)鐵道、軌道交通系統(tǒng)運輸規(guī)劃與管理、綜合運輸系統(tǒng)規(guī)劃與管理等方面的專業(yè)人才。交通運輸專業(yè)畢業(yè)生可在交通運輸及相關(guān)的研究、規(guī)劃、設(shè)計、管理部門和運輸企業(yè)從事行政、經(jīng)營管理和技術(shù)方面工作。 以數(shù)學(xué)、計算機科學(xué)、系統(tǒng)科學(xué)為基礎(chǔ)，以數(shù)學(xué)、外語、計算機應(yīng)用、規(guī)劃設(shè)計方法、運營管理技術(shù)等綜合能力培養(yǎng)為目標，以培養(yǎng)學(xué)生兼具軟硬技術(shù)、兼?zhèn)淅碚撆c實際工作能力為特色。培養(yǎng)現(xiàn)代物流體系中的社會化物流服務(wù)供應(yīng)主體的高級工程技術(shù)人才。現(xiàn)代物流工程本科專業(yè)培養(yǎng)現(xiàn)代物流規(guī)劃與設(shè)計、運營與管理等方面的專業(yè)人才。其畢業(yè)生可在物流、交通運輸?shù)认嚓P(guān)的政府部門與企事業(yè)單位從事研究、規(guī)劃、設(shè)計和管理等方面的工作。物流工程本科專業(yè)培養(yǎng)現(xiàn)代物流規(guī)劃與設(shè)計、運營與管理等方面的專業(yè)人才。物流工程本科專業(yè)畢業(yè)生可以在物流、交通運輸?shù)认嚓P(guān)的政府部門與企事業(yè)單位從事研究、規(guī)劃、設(shè)計、管理等方面工作。