在中國(guó)第一歷史檔案館珍藏的明清兩代皇家檔案中，有關(guān)澳門(mén)問(wèn)題的史料內(nèi)容相當(dāng)豐富。
其中明朝檔案有10余件，數(shù)量雖然不多，但仍清楚地反映出明政府在澳門(mén)行使主權(quán)管理的情況。 在行政管理上，明政府在澳門(mén)采取了特殊的管理制度。澳門(mén)開(kāi)放之初，明政府派出守澳官員，負(fù)責(zé)驗(yàn)查貿(mào)易船只，為了進(jìn)一步加強(qiáng)管理，負(fù)責(zé)該地區(qū)的備倭、巡海道官員每年“臨澳查閱一次”。若發(fā)生較大事件，兩廣總督等封疆大吏直接過(guò)問(wèn)處理其政務(wù)。對(duì)于島上澳葡的管理，則參照少數(shù)民族地區(qū)“以土司治土民”的土司制度，任命葡萄牙人為“夷目”官，授予其管理澳門(mén)的一些權(quán)力，明政府通過(guò)設(shè)立議事亭，向“夷目”宣讀明政府之命令。同時(shí)嚴(yán)格限定澳葡的活動(dòng)，對(duì)“闌出牧馬游獵、揚(yáng)帆駕獎(jiǎng)、偷盜劫掠等項(xiàng)”，管理澳門(mén)事務(wù)的廣東香山備倭參將，有權(quán)“擒拿解究”。 在司法方面，明政府采用符合澳門(mén)實(shí)際情況分別對(duì)待的方法。當(dāng)澳門(mén)葡萄牙人觸犯中國(guó)政府的法律規(guī)定時(shí)，予以治罪，驅(qū)逐澳門(mén)。立于澳門(mén)議事亭中的《海道禁約》，就是針對(duì)葡萄牙人歷來(lái)的違法行為，于萬(wàn)歷四十二年(1614年)制定的，其第一款明文規(guī)定：禁止蓄養(yǎng)倭奴；中國(guó)官員發(fā)現(xiàn)違反此條款，“勒令盡數(shù)驅(qū)除”，逐出澳門(mén)，當(dāng)澳門(mén)葡萄牙人自相侵犯時(shí)，明政府允許澳葡依照他們本民族的法律來(lái)審判治罪。如果涉及中國(guó)人，不論屬被告還是原告，都由中國(guó)官員審理。特別是發(fā)生殺害中國(guó)商民的人命重案，就要將殺人兇犯帶往廣州，按律處決。 在貿(mào)易稅收的管理上，設(shè)立“澳關(guān)”，負(fù)責(zé)盤(pán)驗(yàn)，征收稅銀。萬(wàn)歷二年(1574年)，明政府在蓮花莖設(shè)立關(guān)閘，凡省城供應(yīng)澳門(mén)的酒米船只，以及澳門(mén)運(yùn)往廣州的香料船等，必須經(jīng)香山縣令親驗(yàn)抽盤(pán)，防止違禁物品混入，并查對(duì)報(bào)稅。正德十二年(1517年)，明政府已確定船貨十分抽二的“抽分”方法。針對(duì)葡萄牙人勾結(jié)中國(guó)奸商，買(mǎi)通“抽分”官員，造成關(guān)口執(zhí)法不嚴(yán)，隱漏稅大量增加的現(xiàn)象，明政府采取了由市舶提舉司、海道衙門(mén)及香山縣令一同對(duì)商船進(jìn)行“丈抽”的收稅辦法，按船只大小和載貨多少伯驗(yàn)收稅，若發(fā)現(xiàn)船上有“走匿”貨物，除補(bǔ)征稅銀外，“仍治以罪”。依據(jù)明政府征稅標(biāo)準(zhǔn)，澳葡每年應(yīng)向廣東市舶司納稅2．6萬(wàn)兩，后增至4．6萬(wàn)兩。 在軍事戌防方面，明政府設(shè)置廣東香山備倭參將直接管理澳門(mén)水陸防務(wù)。據(jù)天啟四年(1634年)七月兵部題行稿載，該官管轄“陸則雍陌、塘基灣、澳門(mén)、前山等處。水則十字門(mén)、九洲潭、石龜潭、虎跳等處”。此外，廣東巡視海道史也負(fù)有“馭澳防矮”的重任，對(duì)“與奸徒私通，按濟(jì)夷倭等，輕則量情懲治，重則參奏拿問(wèn)”。還有廣州海防參將，“統(tǒng)領(lǐng)水兵三千名”，擔(dān)負(fù)著“彈壓香山、濠境(澳門(mén))等處夷船，并巡緝接濟(jì)私通船只”之責(zé)任。萬(wàn)歷二年(1574年)，在澳門(mén)與大陸相連的咽喉要道蓮花莖的中央，修建關(guān)閘一座，派有把總一員率官兵把守。為加強(qiáng)澳門(mén)防務(wù)，萬(wàn)歷年間，明政府將廣州海防同知衙門(mén)設(shè)在距澳門(mén)僅有一日路程的雍陌，調(diào)兵千人成防并設(shè)參將。天啟元年(1621年)又把參將官署移至蓮花莖西面數(shù)里的前山寨，戍守官兵大大增加，這樣水陸兩棲都可以任意出入澳門(mén)。澳門(mén)成為明政府軍事防務(wù)的一個(gè)特殊地區(qū)。 在宗教傳播方面，明政府禁止葡人到內(nèi)地傳授洋教。葡萄牙傳教士幾乎與葡萄牙商人同時(shí)進(jìn)入澳門(mén)，他們帶著“征服華人思想的目的來(lái)到澳門(mén)，陸續(xù)在澳門(mén)建造了眾多的教堂、修道院以及培養(yǎng)傳教士的神學(xué)院。但是，明政府對(duì)此防范甚嚴(yán)，禁止傳教士擅自進(jìn)入內(nèi)地傳教，傳教士的活動(dòng)范圍受到了限制。于是，在澳門(mén)傳教士們不得不改變傳教方針，紛紛學(xué)習(xí)中國(guó)的語(yǔ)言、文化，了解中國(guó)的風(fēng)俗習(xí)慣，傳播西方科學(xué)技術(shù)知識(shí)。因此：明朝時(shí)期，天主教在中國(guó)的傳播，對(duì)社會(huì)未造成危害。 綜上所述，明朝政府在澳門(mén)的行政、司法、稅收、防務(wù)、宗教等方面建立了特殊的管理制度，充分行使著國(guó)家主權(quán)，而租居澳門(mén)的葡萄牙人在這塊中國(guó)的土地上必須接受明政府的監(jiān)督和管理.
