1607年，由倫敦弗吉尼亞公司（Virginia Company of London）的商船抵達(dá)美國大陸并建立詹姆斯敦（Jamestown）和弗吉尼亞殖民地（Colony of Virginia），是為英國殖民者在美國的首個永久定居點。

1530年，英國國王亨利八世（Henry VIII, 1491-1547）通過《至尊法案》（Acts of Supremacy）建立了英格蘭國教，正式與羅馬教廷脫離關(guān)系。新教與英國王室的關(guān)系很快在弗吉尼亞殖民地建立起來，并使其在1624年正式成為英國的皇家殖民地，而殖民地的領(lǐng)袖亦認(rèn)為他們有職責(zé)將英國國教傳給北美當(dāng)?shù)氐脑∶?。但由于?dāng)?shù)氐脑∶竦男叛龊臀幕c殖民地存在諸多不同，殖民者斷定教授其英語將可以達(dá)到傳播宗教的作用，同時可將其納入英國子民。1618年11月，弗吉尼亞公司下令在距今里士滿（Richmond）12英里處的亨里科（Henrico）劃出一塊10000英畝（約40平方千米）的土地以供建立一所可以為印第安人提供教育的大學(xué)——當(dāng)時的殖民者希望同時為殖民者的后裔和當(dāng)?shù)氐脑∶裉峁└叩冉逃?619年5月26日，公司財務(wù)主管埃德溫·桑迪斯爵士（Sir Edwin Sandys）報告顯示籌建學(xué)校的資金已到位。 同年7月30日建立的弗吉尼亞議會（Virginia General Assembly）于7月31日呼吁弗吉尼亞公司從英國雇請工人以便參與學(xué)校的建設(shè)。1620年5月11日，公司委任了喬治·索普（George Thorpe,1576-1622） 負(fù)責(zé)管理大學(xué)用地。 而在托馬斯·戴爾爵士（Sir Thomas Dale,-1619）建立亨利科斯（Henricus）的計劃之中，即有建立一所大學(xué)的構(gòu)想。1622年3月，詹姆斯敦屠殺（Jamestown Massacre）爆發(fā)，索普不幸罹難，亨利科斯亦被摧毀。一連串的變故推遲了大學(xué)的籌建計劃。 1624年，隨著弗吉尼亞公司合約到期被收回、弗吉尼亞成為皇家殖民地后，建設(shè)大學(xué)的計劃即被放棄。1661年，弗吉尼亞議會通過法案授權(quán)政府購地用于建設(shè)院校，之后卻不了了之。1690年6月，建立大學(xué)的計劃再度被提起，時任副總督的弗朗西斯·尼克爾森（Francis Nicholson）批準(zhǔn)了提案并向當(dāng)?shù)厣倘颂岢龌I資需求。1691年5月，時任倫敦大主教代表的詹姆斯·布萊爾牧師（Rev.James Blair 1656-1743）受命前往英國覲見威廉三世與瑪麗二世，并提出希望獲得委任狀以建立大學(xué)的請求。1693年2月8日，威廉瑪麗學(xué)院獲得英國王室的委任狀。威廉三世從弗吉尼亞的免役稅（quitrent）中列支了1885英鎊14先令又10便士提供給大學(xué)建設(shè)。同時，測繪局的盈利以及一塊占地10000英畝（約40平方千米）的土地亦被慷慨贈予大學(xué)。根據(jù)皇家委任狀所言：“……在未來建立一所提供通識教育的學(xué)院、一所永久性的教授神學(xué)、哲學(xué)、語言學(xué)和其他文理學(xué)科的學(xué)院并加以大力支持和維護(hù)……”，威廉瑪麗學(xué)院在1693年11月16日獲弗吉尼亞議會批準(zhǔn)建立，當(dāng)時弗吉尼亞政府決定以煙草稅和對皮毛征收的出口稅來供給學(xué)院的運作。威廉瑪麗學(xué)院得名于時任英國國王的威廉三世和瑪麗二世，學(xué)校校址則沒有按照皇家委任狀得要求建立在約克河（York River）以南，而是建在中部種植園（Middle Plantation）的教堂附近。值得注意的是，中部種植園直至1699年弗吉尼亞首府從詹姆斯敦遷至此地后才更名為威廉斯堡。故威廉瑪麗學(xué)院的歷史甚至早于威廉斯堡的歷史。 1693年，威廉瑪麗學(xué)院獲得弗吉尼亞下議院（House of Burgesses）的一個議席。12月20日，學(xué)校耗資170英鎊從托馬斯·布拉德（Thomas Ballard, 1630/1-1689/90）手中購得離詹姆斯敦13千米處的一塊330英畝（約1.3平方千米）的地皮作為校址。1694年，學(xué)院在今日所見的建筑群中開張。1694年5月14日，威廉瑪麗學(xué)院獲得由英國紋章院（College of Arms in London）所頒發(fā)的?；占y章。1695年8月8日，時任殖民地總督埃德蒙·安德魯斯（Edmund Andros, 1637-1714）和弗吉尼亞議員出席克里斯多佛·雷恩爵士樓（Sir Christopher Wren Building）的開工典禮，爾后該大樓改稱學(xué)院樓（The College Building）。1700年建成的雷恩樓亦為全美歷史最悠久的學(xué)院大樓。詹姆斯·布萊爾牧師獲皇家委任，成為威廉瑪麗學(xué)院的首位校長；他一直在學(xué)院留任到1743年逝世為止。學(xué)院最初時是作為一所圣公會學(xué)校建立的，故入學(xué)的學(xué)生都被要求加入英國國教，教授亦被要求忠于三十九條信綱（Thirty-Nine Articles）。1699年，弗吉尼亞下議院議員或總督尼克爾森之邀，列席威廉瑪麗學(xué)院舉辦的一次五一節(jié)（May Day）的慶?；顒印?，下議院因扶持學(xué)校的建立而獲得褒揚，亦有5位學(xué)生發(fā)表演講。其中一位盛贊威廉斯堡作為弗吉尼亞首府的重要地位。 1700年12月5日，威廉瑪麗學(xué)院的學(xué)院樓臨時成為弗吉尼亞總督辦公室。殖民地議會在威廉斯堡的首次會議亦在此召開并持續(xù)在此開會，直至1704年議會大樓落為止。 1702年7月，學(xué)校迎來首場戲劇表演。1705年10月29日，學(xué)院樓在晚間11時至12時之間發(fā)生一場原因不明的火災(zāi)，大樓隨同圖書館和所有的設(shè)施很快被燒毀。但大樓厚重的磚墻沒有遭到損毀。1709年，安妮女王撥款1000英鎊予學(xué)院重建大樓之用。日后，基于原有的磚墻結(jié)構(gòu)，重建與改造工作在副總督亞歷山大·斯波茨伍德（Alexander Spotswood, 1676-1740）的協(xié)助下于1710年至1716年間完成。在1705年至1716年的時間里，學(xué)生均在校外擇址參加課程。 1718年5月30日，弗吉尼亞議會撥款1000英鎊給學(xué)校以滿足殖民者和原住民的教育所需。1723年，由羅伯特·波義耳（Robert Boyle, 1627-1691）的遺產(chǎn)建立的布拉弗頓大樓（The Brafferton Building）建成，成為印第安人學(xué)院院址。該學(xué)院于1700年設(shè)立?！安祭ヮD”是根據(jù)波義耳的遺囑在約克郡投資購入的一處房產(chǎn)。該房產(chǎn)的租金一直支持印第安人學(xué)院直至美國獨立戰(zhàn)爭為止。1729年2月27日，學(xué)院的所有學(xué)部全部落成。當(dāng)時共有1為校長、6位教授。根據(jù)皇家委任狀，學(xué)院的共同管理權(quán)于當(dāng)年8月15日由在世的委任人詹姆斯·布萊爾牧師（Rev. James Blair）和史蒂芬·福塞（Stephen Fouace）移交予校長與教授。 1732年6月28日，學(xué)院樓南翼的禮拜堂落成開放。禮拜堂下埋葬著數(shù)位弗吉尼亞的名人，例如弗吉尼亞下議院議長約翰·蘭道夫爵士（Sir John Randolph, 1693-1737）及其子嗣、第一次大陸會議**佩頓·蘭道夫（Peyton Randolph,1721-1775）等人。 1732年7月31日，校長府?。≒resident's House）破土動工。1736年，首部威廉瑪麗學(xué)院校規(guī)由《弗吉尼亞公報》（Virginia Gazette）的威廉·帕克斯（William Parks）印刷頒布。1740年9月25日，根據(jù)其遺囑，斯波茨伍德副總督將其名下所有書籍、地圖和數(shù)學(xué)儀器捐獻(xiàn)給大學(xué)。 1747年1月20日，弗吉尼亞議會大樓失火后，議會再度遷至學(xué)院樓開會。直至1754年再才遷出。 1749年7月29日，17歲的喬治·華盛頓（George Washington）在卡爾佩珀縣（Culpeper County）法院上出示了自己從威廉瑪麗學(xué)院取得的測量師資格證書。 1772年，威廉斯堡才被授予皇家委任狀升格成為市鎮(zhèn)。威廉斯堡自1699年至1780年為止，均為弗吉尼亞殖民地的州府。在此期間，學(xué)院一度成為立法中心，不少大樓常為立法者所占用。未來的美國總統(tǒng)托馬斯·杰斐遜、詹姆斯·門羅、約翰·泰勒均在威廉瑪麗學(xué)院求學(xué)，故該校被稱作“美國的母校”（the Alma Mater of a Nation）。威廉瑪麗學(xué)院為全美首所獲得皇家特許狀的學(xué)院、首所擁有兄弟會的學(xué)院（1776年建立）、首所建立榮譽制度和法學(xué)院的學(xué)院。 美國獨立戰(zhàn)爭期間，弗吉尼亞通過了《弗吉尼亞宗教自由法案》（Virginia Statute for Religious Freedom），在其治下廣泛推動宗教自由。未來的美國總統(tǒng)詹姆斯·麥迪遜對這種促成這種轉(zhuǎn)變起到了巨大的作用。在麥迪遜的堂兄詹姆斯·麥迪遜主教（Right Reverend James Madison 1749-1812）和學(xué)校監(jiān)事會成員托馬斯·杰斐遜的幫助下，威廉瑪麗學(xué)院成功完成了向宗教自由的過渡；同時，學(xué)院亦成為全美首所設(shè)有法學(xué)和醫(yī)學(xué)研究生院的大學(xué)。作為校長的麥迪遜牧師和美國獨立后弗吉尼亞的新政府合作，致力于重組學(xué)院模式并且改革教育體系。神學(xué)院（Divinity School）和印第安人學(xué)校（Indian School）遭到廢止，學(xué)院則新增全美首個選修課程和榮譽課程制度。威廉瑪麗學(xué)院擁有全美首個大學(xué)秘密組織——平帽社（Flat Hat Club, F.H.C.Society），該組織成立于1750年11月11日。1776年12月5日，學(xué)院的學(xué)生約翰·希斯（John Heath 1758-1810）和威廉·肖特（William Short 1759-1848）成立了秘密文學(xué)和哲學(xué)社團(tuán)——“Phi Beta Kappa”社。1842年，威廉瑪麗學(xué)院校友會由該校校友成立，迄今是全美第六古老的校友會。1859年，一場大火燒毀了學(xué)院，導(dǎo)致校友會大樓成為現(xiàn)今威廉瑪麗學(xué)院僅剩的幾幢內(nèi)戰(zhàn)前建成的校舍之一。其他的幾幢大樓還包括雷恩樓（Wren Building）、校長辦公室（President‘s House）和布拉弗頓樓（The Bafferton） 。 美國內(nèi)戰(zhàn)開始時，為響應(yīng)邦聯(lián)軍隊的征召，學(xué)校的學(xué)生人數(shù)下降。1861年5月10日，教員會議決定在接下來的戰(zhàn)爭期間關(guān)閉學(xué)校。學(xué)院樓（The College Building）被征為邦聯(lián)軍的營房，后來先后變成邦聯(lián)軍和聯(lián)邦軍的戰(zhàn)地醫(yī)院。1862年5月5日，半島戰(zhàn)役（Peninsula Campaign）之一的威廉斯堡戰(zhàn)役（Battle of Williamsburg）打響，次日聯(lián)邦軍便攻陷威廉斯堡。布拉弗頓樓被進(jìn)駐部隊征用，樓中的門板和大部分地板都被拆卸下來作為柴火；窗框則被運往馬格魯?shù)卤ぃ‵ort Magruder）的指揮所。唯一得以保留下來的是該樓的磚墻外立面。1862年9月9日，第五賓夕法尼亞騎兵團(tuán)（5th Pennsylvania Cavalry）的醉酒士兵放火燒了學(xué)院樓，據(jù)稱是為了防止邦聯(lián)軍的狙擊手利用該樓作為掩護(hù)。聯(lián)邦軍占領(lǐng)期間，學(xué)院迭遭破壞。這種情況甚至延續(xù)到了1865年9月，即戰(zhàn)爭結(jié)束數(shù)個月后。戰(zhàn)后，弗吉尼亞因戰(zhàn)事而陷入財政困境。威廉瑪麗學(xué)院的第16任校長本杰明·斯托德特·埃威爾（Benjamin Stoddert Ewell 1810-1894）直至1869年才自費重開學(xué)校。然而到了1882年，學(xué)院又因為資金緊張而關(guān)閉。1888年，弗吉尼亞州通過法案向威廉瑪麗學(xué)院撥款1萬美元，并為學(xué)院換發(fā)了新特許狀令其轉(zhuǎn)變?yōu)橹萘⒌膸煼稒C(jī)構(gòu)。 該校校友、美國總統(tǒng)約翰·泰勒之子里昂·加德納·泰勒（Lyon Gardiner Tyler 1853-1935）接手退休的埃威爾的職務(wù)，成為該校的第17任校長。泰勒和繼任校長朱里安·埃文·卡羅森·錢德勒（Julian Alvin Carrollson Chandler 1872-1934）共同將學(xué)院建成一所現(xiàn)代化的高等學(xué)校。1906年3月，州議會通過法案接管該前殖民地學(xué)院。威廉瑪麗學(xué)院自此完全成為一所公立大學(xué)并持續(xù)至今。1918年，威廉瑪麗學(xué)院成為弗吉尼亞州首所允許女性學(xué)生入學(xué)并實行男女混合教育的大學(xué)。學(xué)校此后經(jīng)歷了長時間的入學(xué)人數(shù)增長，從1889年的104人增加到了1932年的1269人。1926年，小洛克菲勒（John D. Rockefeller, Jr. 1874-1960）被投資籌建了“殖民地威廉斯堡基金會”，原貌修復(fù)和重建18世紀(jì)的威廉斯堡、詹姆斯頓和約克鎮(zhèn)。經(jīng)過修復(fù)的“殖民地威廉斯堡”歷史區(qū)，包括1英里長的主街、88座建筑物、400多處設(shè)施及90英畝花園綠地。 1930年，威廉瑪麗學(xué)院在弗吉尼亞的諾?？耍∟orfolk, Virginia）建立了一所分?！旣悓W(xué)院諾福克分校，從而擴(kuò)張了學(xué)校面積。后來該校改名成為今日的歐道明大學(xué)（Old Dominion University），并從威廉瑪麗學(xué)院獨立出去變成一所州立學(xué)校。在第19任校長，約翰·斯圖加特·布萊恩（John Stewart Bryan 1871-1944）任內(nèi)（1934-1942），學(xué)校完成了大規(guī)模的擴(kuò)建。1934年10月20日，富蘭克林·德拉諾·羅斯?？偨y(tǒng)在威廉瑪麗學(xué)院獲得了榮譽學(xué)位。1935年，位于雷恩樓西側(cè)的下沉花園（Sunken Garden）建成 ，該園的設(shè)計仿造雷恩爵士為倫敦皇家切爾西醫(yī)院（Royal Hospital Chelsea）修筑的的一處類似景觀。至少從1940年代開始，威廉瑪麗學(xué)院就開始支持新聞自由。1945年，學(xué)校行政層決議制裁學(xué)生瑪麗琳·卡美勒（Marilyn Kaemmerle）因為她在《平帽社》（The Flat Hat）?？锇l(fā)文呼吁結(jié)束種族隔離、反種族混雜和白人至上的政策。據(jù)《時代周刊》雜志報道，超過1000名大學(xué)生舉辦了一場抗議活動，宣稱大學(xué)由托馬斯·杰斐遜（威廉瑪麗學(xué)院校友）所傳承的自由原則遭到了侵害。數(shù)十年后，瑪麗琳得到了大學(xué)監(jiān)事會的赦免。1951年，威廉瑪利學(xué)院的研究生院錄取了黑人學(xué)生休倫·威利斯（Hulon Willis）因為當(dāng)時該生申請的弗吉尼亞州立大學(xué)并未開設(shè)相關(guān)的研究生項目。然而，學(xué)院直至1970年代都沒有再錄取過非裔美國人。1960年，威廉瑪麗學(xué)院聯(lián)盟成立，這個短命的五校系統(tǒng)包括威廉瑪麗學(xué)院、里士滿職業(yè)學(xué)院（Richmond Professional Institute）、威廉瑪麗學(xué)院諾?？朔中?、克里斯托弗紐波特學(xué)院（Christopher Newport College）和理查德布蘭德學(xué)院（Richard Bland College）。該聯(lián)盟于1962年解散。1974年，杰·溫斯頓·約翰（Jay Winston Johns）立下遺囑將其身下財產(chǎn)——占地535英畝（約2.17平方千米）的灰草坪高地（Ash Lawn-Highland）贈予學(xué)校。該高地地處歷史悠久的弗吉尼亞阿爾比馬爾縣，曾為美國總統(tǒng)詹姆斯·門羅的地產(chǎn)。為此，威廉瑪麗學(xué)院特地修復(fù)了這處靠近夏洛茨維爾（Charlottesville）的總統(tǒng)故居并向公眾開放。1983年，G7所屬政府首腦在威廉斯堡舉行了峰會， 時任意大利總統(tǒng)范范尼、英國首相撒切爾、 日本首相中曾根康弘、美國總統(tǒng)里根、法國總統(tǒng)密特朗、西德總理科爾、 盧森堡首相托恩和加拿大總理特魯多出席峰會并到訪學(xué)院。1993年，已退休的前英國首相撒切爾夫人出任威廉瑪麗學(xué)院的名譽校長。2012年7月25日，位于諾福克的東弗吉尼亞醫(yī)學(xué)院（Eastern Virginia Medical School,EVMS）和威廉瑪麗學(xué)院發(fā)表聯(lián)合聲明，宣布兩校有意向合并。但諸如此類合并需要經(jīng)過弗吉尼亞州議會和州長同意方可進(jìn)行。對此，州政府決定暫時先向兩校撥款20萬美元。東弗吉尼亞醫(yī)學(xué)院和威廉瑪麗學(xué)院達(dá)成協(xié)定，就將來實行合并的可能性進(jìn)行研究。