北京大學(xué)藥學(xué)院始建于1941年引，原名為北京大學(xué)中藥研究所，1943年以此為基礎(chǔ)建立了北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院藥學(xué)系，設(shè)本草專業(yè)和制藥專業(yè)；1952年醫(yī)學(xué)院獨(dú)立建院，隨之改名為北京醫(yī)學(xué)院藥學(xué)系，設(shè)藥學(xué)、藥物化學(xué)、應(yīng)用化學(xué)（醫(yī)藥）三個(gè)專業(yè)；1985年隨學(xué)校更名為北京醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院，設(shè)藥學(xué)、藥物化學(xué)、藥理學(xué)三個(gè)專業(yè)。

2000年4月原北京醫(yī)科大學(xué)和北京大學(xué)合并組建新的北京大學(xué)，隨之更名為北京大學(xué)藥學(xué)院。