微生物專業(yè)排名第一水平：中國微生物所（即中科院微生物所）：微生物方面水平相當高。

武漢病毒所（也是中科院的）：病毒方面的老一。 武漢大學：微生物方面在大學中絕對是一流。 江南大學：微生物的發(fā)酵方向無人能敵。 山東大學：微生物發(fā)酵及理論方面也是相當牛的。 華中農(nóng)大、南京農(nóng)大、中國農(nóng)大農(nóng)業(yè)院校的三巨頭，微生物都有不錯。 中山大學：微生物生物防治方面很好，有國家生防重點實驗室。云南大學：放線菌方面研究很領先，有國家放線菌研究重點實驗室。 第二水平：復旦大學 南開大學 揚州大學 南京大學 浙江大學 廈門大學 也有微生物方向的研究，但與上面的比可能略有差距。 第三水平：西北農(nóng)大，福建農(nóng)大，天津輕院等等與河南農(nóng)業(yè)大學水平相當者。另外：象上海交通大學，華中科技大學等較多實力強的綜合性大學這幾年在生物技術方面發(fā)展很快，在一些研究方向也是一流的