二十世紀(jì)六十年代初，國家總理周恩來和外長陳毅決定創(chuàng)辦外國語學(xué)校。

1963年，上海、北京、天津、南京等八所外國語學(xué)校成立。江蘇省教育廳受教育部的委托，負(fù)責(zé)在南京籌辦南京外國語學(xué)校 。1990年，南京外國語學(xué)校被評(píng)為江蘇省重點(diǎn)中學(xué)。1999年，南京外國語學(xué)校開始對(duì)本部和分部校園進(jìn)行改造。2002年，南京外國語學(xué)校首開中加班，這也是南京市第一個(gè)由公辦高中開設(shè)的國際班 。2006年，南京外國語學(xué)校通過劍橋大學(xué)國際考試委員會(huì)（CIE）的檢查和審批成為其國際考試中心（注冊(cè)號(hào)CN545），學(xué)校開設(shè)“劍橋國際高中課程實(shí)驗(yàn)班”，引進(jìn)劍橋高中課程（GCE A-Level） 。2007年，南京外國語學(xué)校開辦新南威爾士大學(xué)預(yù)科項(xiàng)目（中澳預(yù)科班） ；同年10月，該校體育館建成，并舉行落成典禮 。2003年，南京外國語學(xué)校創(chuàng)建仙林分校。2009年，南京外國語學(xué)校本部和分部校園改造全面竣工 。2012年，南京外國語學(xué)校開辦河西分校以及南京市浦口外國語學(xué)校 。