化學(xué)系始建于1926年，1952年院系調(diào)整中，原來的復(fù)旦大學(xué)、浙江大學(xué)、交通大學(xué)、同濟大學(xué)、滬江大學(xué)、大同大學(xué)及震旦大學(xué)等校的化學(xué)系合并成現(xiàn)在的復(fù)旦大學(xué)化學(xué)系。

化學(xué)系是化學(xué)一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點之一，還設(shè)有化學(xué)博士后流動站。無機化學(xué)、分析化學(xué)、有機化學(xué)和物理化學(xué)四個學(xué)科均能招收博士和碩士研究生。其中物理化學(xué)是國家重點學(xué)科和“985”計劃的“重中之重”學(xué)科，物理化學(xué)實驗室是國家專業(yè)實驗室，無機化學(xué)是學(xué)校重點學(xué)科。