生物工程包括三個(gè)大的方面：基因工程，細(xì)胞工程，發(fā)酵工程。制藥工程的一部分屬于發(fā)酵工程的范疇，但僅是其一部分，因?yàn)榘l(fā)酵工程也包括許多除制藥以外其他方面的內(nèi)容，例如制作酸奶，食品添加劑等。另外制藥工程也包括人工合成的方式而不依賴發(fā)酵工程，如人工牛黃的合成等。

生物工程：基因，酶，發(fā)酵，細(xì)胞4大工程的集合。制藥工程偏重于發(fā)酵工程和基因工程，而且要掌握化學(xué)知識(shí)多一些

生物工程只生物（大部分是微生物）參加的工程作業(yè)如制藥、發(fā)酵等等，制藥工程就是字面意思。有生物制藥，也有普通制藥。所以兩個(gè)名詞只是兩個(gè)有重疊部分的圓..

這里主要講解：生物工程專業(yè)和制藥工程專業(yè)的區(qū)別

培養(yǎng)方向不同

A 生物工程，本專業(yè)培養(yǎng)德智體美全面發(fā)展，適應(yīng)市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)體制和改革開(kāi)放需要，掌握現(xiàn)代生物工程技術(shù)及其產(chǎn)業(yè)化科學(xué)原理、工藝過(guò)程和工程設(shè)計(jì)等基本理論，基本技能，能在保健品、制藥等領(lǐng)域從事生產(chǎn)、產(chǎn)品技術(shù)研究開(kāi)發(fā)、質(zhì)量檢測(cè)和企業(yè)管理的高級(jí)應(yīng)用型技術(shù)人才

B 制藥工程：本專業(yè)培養(yǎng)具備制藥工程方面的知識(shí)，能在醫(yī)藥、農(nóng)藥、精細(xì)化工：和生物化工等部門(mén)從事醫(yī)藥產(chǎn)品的生產(chǎn)、科技開(kāi)發(fā)、應(yīng)用研究和經(jīng)營(yíng)管理等方面的高級(jí)工程技術(shù)人才。

就業(yè)方向

A 生物工程：本專業(yè)學(xué)生畢業(yè)后可適宜于醫(yī)藥、食品、環(huán)保、商檢等部門(mén)中生物產(chǎn)品的技術(shù)開(kāi)發(fā)、工程設(shè)計(jì)、生產(chǎn)管理及產(chǎn)品性能檢測(cè)分析等工作及教學(xué)部門(mén)的研究與教學(xué)工作

B制藥工程：本專業(yè)學(xué)生畢業(yè)后可從事醫(yī)藥產(chǎn)品的生產(chǎn)、科技開(kāi)發(fā)、應(yīng)用研究和經(jīng)營(yíng)管理等方面工作。

從上文可以看出，生物工程專業(yè)學(xué)習(xí)的比較廣，可以從事食品和藥品的研發(fā)工作，制藥工程主要就是針對(duì)醫(yī)藥類。但是醫(yī)藥類行業(yè)是鉆研的很深的專業(yè)，所以在醫(yī)藥口上，制藥工程專業(yè)就業(yè)更好些。