1、學(xué)校類別不同南方科技大學(xué)是國家出資建立的一所公立性高校，旨在探索具有中國特色的現(xiàn)代大學(xué)制度、探索創(chuàng)新人才培養(yǎng)模式。而西湖大學(xué)則是一所私立高校，是由國內(nèi)諸多科研大牛、企業(yè)家共同建立，其借鑒的是美國加州理工大學(xué)的辦學(xué)規(guī)模和斯坦福大學(xué)的辦學(xué)理念。

2、教育改革、辦學(xué)理念、追求不同。 南方科大朱時清提出“自主招生、自授學(xué)位，去行政化”三大口號，探索中國教育改革。西湖大學(xué)的辦學(xué)理念“民辦的、研究型的、有望在相對較短的時間內(nèi)成為世界一流的小型綜合大學(xué)”。追求其實區(qū)別不大，都是短期內(nèi)成為世界一流的研究型大學(xué)。

西湖大學(xué)是非營利高端科研機構(gòu)，南方科技大學(xué)是公立大學(xué)。西湖大學(xué)（Westlake University）是中國歷史上第一所由社會力量舉辦、國家重點支持的新型研究型大學(xué)，該大學(xué)預(yù)計借鑒美國加州理工大學(xué)的規(guī)模和斯坦福大學(xué)的辦學(xué)理念，秉承“高起點、小而精、研究型”的辦學(xué)定位，聚焦理學(xué)、生命與健康、前沿技術(shù)等方向設(shè)立一級學(xué)科。由國家“千人計劃”專家或其他頂尖人才領(lǐng)銜組建相關(guān)院系，首先以研究院的名義完成博士研究生的招生，偏重理工科，隨后面向本科生。學(xué)校獲批設(shè)立***博士后科研工作站，擁有獨立招收博士后研究人員資格。南方科技大學(xué)（Southern University of Science and Technology），簡稱“南科大”，是國家高等教育綜合改革試驗校、廣東省高水平大學(xué)重點建設(shè)高校，由廣東省領(lǐng)導(dǎo)和管理的全日制公辦普通高等學(xué)校，是深圳市創(chuàng)辦的一所創(chuàng)新型大學(xué)。它的目標是迅速建成國際化高水平研究型大學(xué)。南科大以理、工、醫(yī)學(xué)學(xué)科為主，兼具部分特色人文社會學(xué)科與管理學(xué)科。

1、學(xué)校類別不同

西湖大學(xué)是非營利高端科研機構(gòu)，而南方科技大學(xué)是公立大學(xué)。

2、專業(yè)數(shù)量不同

西湖大學(xué)將分批規(guī)劃設(shè)置生物學(xué)、生物醫(yī)學(xué)工程、藥學(xué)、物理學(xué)、數(shù)學(xué)、化學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、計算機科學(xué)與技術(shù)、電子科學(xué)與技術(shù)、光學(xué)工程、材料科學(xué)與工程、機械工程等12個一級學(xué)科，但主要還是集中在理學(xué)、生命與健康、前沿技術(shù)3個學(xué)科門類。隨著大學(xué)的發(fā)展，西湖大學(xué)將適時設(shè)立人文社科學(xué)院和相關(guān)學(xué)科。

南方科技大學(xué)設(shè)置了18個院系中心，開設(shè)了29個本科專業(yè)。

3、創(chuàng)辦時間不同

西湖大學(xué)的前身為浙江西湖高等研究院（成立于2016年），由清華大學(xué)副校長施一公教授、南方科技大學(xué)校長陳十一教授、中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)常務(wù)副校長潘建偉教授、北京大學(xué)理學(xué)部主任饒毅教授等科學(xué)家發(fā)起籌建。2018年2月14日，教育部正式批復(fù)同意浙江省設(shè)立西湖大學(xué)。

2010年12月，教育部同意籌建南方科技大學(xué)。2012年4月，教育部同意建立南方科技大學(xué)，并賦予學(xué)校探索具有中國特色的現(xiàn)代大學(xué)制度、探索創(chuàng)新人才培養(yǎng)模式的目標。