《中國大學評價》主要參考的指標和數(shù)據(jù)有:1.七年制、八年制臨床醫(yī)學專業(yè)授予情況；2.學校在國內(nèi)和國際的名氣程度；3.相關學科(生物、化學)的全國排名情況；4.兩院院士、長江學者、博士生導師的情況；5.博士點/碩士點(二級學科)、國家重點學科、國家精品課程的情況；6.附屬或教學醫(yī)院、附屬科研院所的情況；7.學生入學成績情況、地域優(yōu)勢。2006年具體排名如下(以西醫(yī)臨床醫(yī)學為主排名，目前經(jīng)教育部批準開展7年制教育的學校，軍隊院校未納入排行榜):1.清華大學北京協(xié)和醫(yī)學院(中國協(xié)和醫(yī)科大學)2.北京大學醫(yī)學部(原北京醫(yī)科大學)3.復旦大學上海醫(yī)學院(原上海醫(yī)科大學)4.上海交通大學醫(yī)學院(原上海第二醫(yī)科大學)5.中山大學醫(yī)學院(原中山醫(yī)科大學)6.華中科技大學同濟醫(yī)學院(原同濟醫(yī)科大學)7.四川大學華西醫(yī)學院(原華西醫(yī)科大學)8.中南大學湘雅醫(yī)學院(原湖南醫(yī)科大學)9.南方醫(yī)科大學(原第一軍醫(yī)大學)10.浙江大學醫(yī)學院(原浙江醫(yī)科大學)11.首都醫(yī)科大學12.東北大學中國醫(yī)學院(中國醫(yī)科大學)13.吉林大學白求恩醫(yī)學院(原白求恩醫(yī)科大學)14.武漢大學醫(yī)學院(原湖北醫(yī)科大學)15.山東大學醫(yī)學院(原山東醫(yī)科大學)16.哈爾濱醫(yī)科大學17.天津醫(yī)科大學18.西安交通大學醫(yī)學院(原西安醫(yī)科大學)19.南京醫(yī)科大學20.河北醫(yī)科大學21.重慶大學醫(yī)學院(重慶醫(yī)科大學)22.南京大學醫(yī)學院23.南開大學醫(yī)學院24.同濟大學醫(yī)學院(原上海鐵道醫(yī)學院)25.鄭州大學醫(yī)學院(原河南醫(yī)科大學)26.福建醫(yī)科大學27.暨南大學醫(yī)學院28.山西醫(yī)科大學29.蘇州大學醫(yī)學院(原蘇州醫(yī)學院)30.大連醫(yī)科大學31.新疆醫(yī)科大學32.安徽醫(yī)科大學33.廣西醫(yī)科大學34.青島大學醫(yī)學院(原青島醫(yī)學院)35.東南大學醫(yī)學院(原南京鐵道醫(yī)學院)36.汕頭大學醫(yī)學院37.溫州醫(yī)學院