原名澤井梅太郎，廣島縣御調(diào)郡八幡村人。

出生時(shí)，正是“明治維新”的前夜。1874年，進(jìn)村中的小學(xué)。 13 歲小學(xué)畢業(yè)。進(jìn)三原的“櫻南社”，學(xué)習(xí)漢學(xué)。15 歲為小學(xué)校的教師。和友人花井卓藏組織“龍山會”，花井是自由黨人。他受到言論自由和民權(quán)思想的影響。16 歲和大木箕山、沖加都麿等組織國學(xué)研究團(tuán)體“起風(fēng)館”。18歲創(chuàng)立“佛教會”。1885年4月，京都西本愿寺創(chuàng)辦真宗的普通教校（后為龍谷大學(xué)），澤井梅太郎到京都。改名澤井洵。 22 歲在大學(xué)投入“反省會”，創(chuàng)辦《反省會雜志》。此后10 年，他一直是該雜志的主筆。該會和德富蘇峰的“國民之友”社的運(yùn)動為對立的狀態(tài)。該年，和日野義淵等創(chuàng)辦“歐美佛教通訊社”，向海外介紹佛教的知識。發(fā)行《 亞洲寶珠》雜志。對日本佛教的近代發(fā)展，作出了很大的貢獻(xiàn)。是年，入贅神戶的實(shí)業(yè)家高楠高楠孫三郎家，孫三郎為日本名家高楠正成的后裔。有獨(dú)生女霜子，傾倒于基督教。高楠家通過當(dāng)時(shí)龍谷的校主利井明明和日野義淵，和澤井洵交涉。最后以負(fù)擔(dān)他旅歐留學(xué)全部學(xué)費(fèi)為條件，達(dá)成結(jié)緣的協(xié)議。澤井洵改名為高楠順次郎。1893年《反省會雜志》改名為《反省雜志》。1889年又改名為《中央公論》，直到今日。1899年6月，高楠順次郎以優(yōu)異成績，從普通教校畢業(yè)。1900年3月，乘法國航船，前往歐洲。 9月，由南條文雄的介紹，進(jìn)入了英國的牛津大學(xué)，在當(dāng)時(shí)歐洲著名的漢學(xué)家弗里德里?！ゑR克斯·繆勒門下學(xué)習(xí)印度佛學(xué)。高楠順次郎和繆勒初次見面時(shí)，繆勒向他提的問題是“你是為了興趣搞學(xué)問，還是為了賺錢搞學(xué)問？”他的回答是前者，所以，繆勒就叫他學(xué)習(xí)梵文和巴厘文，研究印度學(xué)。由此，高楠順次郎走上了佛學(xué)印度學(xué)的道路“。這樣的轉(zhuǎn)變，對他本人，對日本、對日本的佛教來說，都是值得慶幸的事?！稏|洋學(xué)的系譜》第 1輯65 頁 ）1894年，他從牛津大學(xué)畢業(yè)。第二年進(jìn)入了德國的柏林大學(xué)。跟喬治·胡特（Georg Huth，1867-1906 年）學(xué)習(xí)藏文、蒙古文和烏拉爾阿爾泰語，學(xué)習(xí)中亞的文明史。又進(jìn)基爾大學(xué)，跟赫爾曼·奧定貝格（ 1854-1920年）、保羅·雅各布·德森（Paul Jakob Deussen，1845-1919）等學(xué)者學(xué)習(xí)印度的《奧義書》、吠陀哲學(xué)。1896 年進(jìn)萊比錫大學(xué)，學(xué)習(xí)語言學(xué)、哲學(xué)史。又進(jìn)法蘭西學(xué)院，和西勒萬·列維等人相交。同年回到牛津大學(xué)，取得藝術(shù)碩士學(xué)位。在歐洲留學(xué)期間，完成了《觀無量壽經(jīng)》的英譯。翻譯、注釋了《南海寄歸內(nèi)法傳》。1897年1月，32歲的高楠順次郎回到日本。6月，為東京帝國大學(xué)文科大學(xué)的講師。1899年10月，為教授。其間，受到上田萬年（1876-1937 年）的提拔。 1901年，東京大學(xué)開設(shè)梵文講座。為最初的教授。1913年，得到啟明會的支持，對日本寺院所藏的古書進(jìn)行了調(diào)查。編纂《吠陀全書》和《大正新修大藏經(jīng)》100卷，為此出了大力。1923年關(guān)東大地震以后，提倡成立佛教女子大學(xué)，是為武藏野女子學(xué)院的發(fā)端。1927年根據(jù)日本當(dāng)時(shí)教授的年齡規(guī)定退職。在此之前，一直在東京帝國大學(xué)任教。退職的同時(shí)，就任武藏野女子學(xué)院的院長。 1942年9月27日，在東北帝國大學(xué)畢業(yè)式上，曾作《東西思想的合流》的講演。這是一個(gè)較有名的講演。1945年6月28日，在不二山麓的樂山莊逝去。終年80歲。著有《高楠順次郎全集》共9 卷（1977 年，教育新潮社） 。