本鄉(xiāng)總校區(qū)：東京都文京區(qū) 40.27公頃東京大學(xué)主校區(qū)設(shè)在東京都內(nèi)文京區(qū)本鄉(xiāng)，占地面積40公頃 ，全校絕大部分機(jī)構(gòu)均在這里。

另外在目黑區(qū)駒場(chǎng)另建一新校區(qū)，為教養(yǎng)學(xué)部及生產(chǎn)技術(shù)研究所所在地。附屬學(xué)校、工同研究部門(mén)，實(shí)驗(yàn)實(shí)習(xí)基地（如農(nóng)場(chǎng)、林場(chǎng)、地震、火山、天文等觀察站）、師生員工宿舍等分布于全國(guó)各地。赤門(mén)是日本東京大學(xué)本鄉(xiāng)校區(qū)在本鄉(xiāng)通側(cè)的一個(gè)大門(mén)，原為加賀藩的御守殿門(mén)，“赤門(mén)”為御守殿門(mén)的俗稱(chēng)，此乃因?yàn)橛氐铋T(mén)皆漆為朱紅色之故。依古代日本習(xí)俗，御守殿門(mén)一旦受災(zāi)損毀便不能重建，而東京大學(xué)的赤門(mén)是唯一留存下來(lái)的御守殿門(mén)，已有百年以上的歷史，殊為難得，因此曾被日本政府列為國(guó)寶，現(xiàn)則指定為重要文物。赤門(mén)也是東京大學(xué)的代表性象征之一，被假借為東京大學(xué)的代稱(chēng)，也因而常被誤以為是東京大學(xué)的正門(mén)，東京大學(xué)真正的正門(mén)在赤門(mén)旁邊。淺野校區(qū)：東京都文京區(qū) 4.37公頃彌生校區(qū)：東京都文京區(qū) 11.28公頃駒場(chǎng)校區(qū)：東京都目黑區(qū) 35.20公頃白金校區(qū)：東京都港區(qū) 7.2公頃三鷹校區(qū)：東京都三鷹市6.88公頃檢見(jiàn)川校區(qū)：千葉縣千葉市 32.3公頃