南京本科院校共有35所。

這些35所本科院校如下：南京大學、東南大學、南京航空航天大學、南京理工大學、南京郵電大學、南京工業(yè)大學、河海大學、南京林業(yè)大學、南京信息工程大學、南京農業(yè)大學、南京醫(yī)科大學、南京中醫(yī)藥大學、中國藥科大學、南京師范大學、南京財經大學、江蘇警官學院、南京體育學院、南京藝術學院、三江學院、南京工程學院、南京審計大學、南京曉莊學院、南京特殊教育師范學院、南京森林警察學院、東南大學成賢學院、金陵科技學院、南京大學金陵學院、南京理工大學紫金學院、南京航空航天大學金城學院、中國傳媒大學南廣學院、南京工業(yè)大學浦江學院、南京師范大學中北學院、南京信息工程大學濱江學院、南京審計大學金審學院、江蘇第二師范學院。材料補充：

1、南京大學（Nanjing University）簡稱“南大”，是中華人民共和國教育部直屬的全國重點大學，位列“雙一流”A類、“985工程”、“211工程”重點建設高校。

2、東南大學（Southeast University）簡稱“東大”，本部位于南京，是中華人民共和國教育部直屬的全國重點大學，位列國家“雙一流”A類、“985工程”、“211工程重點建設高校。

3、南京航空航天大學（Nanjing University of Aeronautics and Astronautics）簡稱南航（NUAA），位于江蘇省南京市，是中華人民共和國工業(yè)和信息化部直屬的一所具有航空航天民航特色、以理工類為主的綜合性全國重點大學。

4、河海大學（Hohai University）簡稱“河海（HHU）”，是以水利為特色，工科為主，多學科協(xié)調發(fā)展的教育部直屬，教育部、水利部、國家海洋局與江蘇省人民政府共建的全國重點大學。

5、南京醫(yī)科大學（Nanjing Medical University）位于江蘇省南京市，是教育部、中華人民共和國國家衛(wèi)生健康委員會、江蘇省人民政府共建高校和江蘇高水平大學建設高校。