北卡羅來納大學的第一個校區(qū)是1789年在北卡羅來納州教堂山建立的。

這是美國第一所授予學位的公立大學，也是歷史上北卡州136之內唯一的一所大學。1877年，北卡州開始資助其他的高等教育機構。逐漸，這個州又增加了五所黑人大學和一所培養(yǎng)印第安人的大學。另有一些大學被創(chuàng)立用來培養(yǎng)公共教育老師和表演藝術人才。大蕭條時期，北卡羅來納立法會在州政府內部尋找節(jié)流的辦法。出于這個目的，經過努力，它于1931年將當時的北卡羅來納大學合并成現在的北卡羅來納大學教堂山、北卡羅來納州立大學和北卡羅來納大學格林斯伯勒。新的合并后的北卡羅來納大學在一個基金會和校董的領導下運營了這三所校區(qū)。1969年，另外三所通過法案加入了北卡羅來納大學：北卡羅來納大學夏洛特、北卡羅來納大學艾胥維爾和北卡羅來納大學威明頓。1971年，北卡通過立法，將所有16所授予本科學位的公立大學并入該系統(tǒng)。這新的一輪合并給每個校區(qū)分派了一個校長和基金會。1985年，北卡羅來納科學數學學校, North Carolina School of Science and Mathematic (NCSSM)，一個當地的寄宿制重點高中，宣布成為該大學的附屬中學。北卡羅來納大學是所籃球名校，許多NBA球員畢業(yè)于此，例：Michael Jordan、Vince Carter等。