大學(xué)的根源要追溯到十一世紀(jì)的博洛尼亞，當(dāng)時(shí)眾多被稱(chēng)為注釋者的語(yǔ)法學(xué)、修辭學(xué)和邏輯學(xué)的學(xué)者們聚集在一起，共同評(píng)注古老的羅馬法法典。

學(xué)者們最初的研究集中在法律上，其中最早有記載的學(xué)者有佩波內(nèi)、依內(nèi)里奧和格雷茨亞諾。在聽(tīng)取了依內(nèi)里奧的四位學(xué)生的建議之后，皇帝費(fèi)德里克一世于1158年頒布法令，規(guī)定了大學(xué)不受任何權(quán)力的影響，作為研究場(chǎng)所享有獨(dú)立性。從十四世紀(jì)開(kāi)始繼法學(xué)之后，博洛尼亞大學(xué)又迎來(lái)了眾多邏輯學(xué)、天文學(xué)、醫(yī)學(xué)、哲學(xué)、算術(shù)、修辭學(xué)以及語(yǔ)法學(xué)的學(xué)者。1364年，大學(xué)建立了神學(xué)院。眾多科學(xué)史和文學(xué)史上的名人都曾經(jīng)在這里求學(xué)、研究或從事教學(xué)工作，其中最著名的有圭多·圭尼澤利、但丁、弗朗西斯克·彼特拉克、奇諾·達(dá)皮斯托亞（Cino da Pistoia）、切科·達(dá)斯科利、雷·恩佐（Re Enzo）、薩林貝內(nèi)·達(dá)帕爾馬（Salimbene da Parma）和科盧喬·薩盧塔蒂（Coluccio Salutati）。博洛尼亞大學(xué)在十五世紀(jì)進(jìn)行了小規(guī)模的收縮，但保留了很多像安德烈亞·阿爾恰多（Andrea Alciato）這樣著名的學(xué)者，同時(shí)開(kāi)始了希臘文和希伯來(lái)文的教學(xué)。在十六世紀(jì)博洛尼亞大學(xué)開(kāi)創(chuàng)了被稱(chēng)為“自然魔法”的教學(xué)，即是我們今天的實(shí)驗(yàn)科學(xué)。這段時(shí)期著名的人物有彼得羅·蓬波納齊（PietroPomponazzi），他通過(guò)自然科學(xué)的研究向傳統(tǒng)的神學(xué)發(fā)出了挑戰(zhàn)，而烏利塞·阿爾德羅萬(wàn)迪（Ulisse Aldrovandi），則奠定了自然科學(xué)的基礎(chǔ)，他對(duì)藥理學(xué)的發(fā)展有重要的貢獻(xiàn)，并對(duì)很多動(dòng)物、化石和自然現(xiàn)象做了收集和分類(lèi)。在同一時(shí)期，大學(xué)成為了代數(shù)學(xué)研究的中心，代表人物有卡爾達(dá)諾和費(fèi)羅。在十六世紀(jì)加斯帕雷·塔利亞科齊（Gaspare Tagliacozzi）開(kāi)始了整形外科最初的研究，而十七世紀(jì)更是博洛尼亞醫(yī)學(xué)發(fā)展的黃金時(shí)期，馬爾切洛·馬爾比基（Marcello Malpighi）開(kāi)始利用顯微鏡進(jìn)行人體解剖學(xué)的教學(xué)研究。得益于他們做出的努力，醫(yī)學(xué)在這段時(shí)期有了巨大的進(jìn)步。中世紀(jì)博洛尼亞大學(xué)的聲譽(yù)已經(jīng)在整個(gè)歐洲傳播開(kāi)來(lái)，使其成為了學(xué)者們爭(zhēng)相向往的學(xué)術(shù)圣地。像托馬斯·貝克特、帕拉塞爾蘇斯、雷蒙多·德佩尼亞福特（Raimundo de Peñafort）、丟勒、圣卡洛·博羅梅奧（san Carlo Borromeo）、大詩(shī)人塔索、哲學(xué)家伊拉斯謨、教皇尼古拉五世、皮科·德拉米蘭多拉（Pico della Mirandola）、藝術(shù)理論家阿爾貝蒂以及卡洛·哥爾多尼（Carlo Goldoni），都來(lái)過(guò)這里求學(xué)。尼古拉·哥白尼在這里學(xué)習(xí)教皇法的同時(shí)，開(kāi)始了自己對(duì)天文的觀察和研究。伴隨著十八世紀(jì)的工業(yè)革命，博洛尼亞大學(xué)對(duì)推動(dòng)科學(xué)技術(shù)的發(fā)展做出了自己獨(dú)特的貢獻(xiàn)。在這個(gè)時(shí)期，伽伐尼與亞歷山卓·伏打、本杰明·富蘭克林、亨利·卡文迪什等人，共同開(kāi)創(chuàng)了現(xiàn)代電氣的時(shí)代。而意大利統(tǒng)一之后，博洛尼亞大學(xué)迎來(lái)了它又一個(gè)學(xué)術(shù)高峰時(shí)期，其間著名的學(xué)者有喬瓦尼·卡佩利尼（Giovanni Capellini）、焦蘇埃·卡爾杜奇（Giosuè Carducci）、喬瓦尼·帕斯科利（Giovanni Pascoli）、奧古斯托·里吉（Augusto Righi）、費(fèi)代里戈·恩里克斯（Federigo Enriques）、賈科莫·恰米錢(qián)（Giacomo Ciamician）、奧古斯托·穆里（Augusto Murri）。在1888年博洛尼亞大學(xué)八百年的慶祝典禮上，幾乎世界上所有大學(xué)的代表們會(huì)聚在博洛尼亞共同為大學(xué)之母的榮譽(yù)而歡呼，他們承認(rèn)博洛尼亞大學(xué)是他們的根源，是繼承與追求寬容之路的根本。這一天成為了國(guó)際性的學(xué)術(shù)節(jié)日。博洛尼亞大學(xué)一直保持著世界文化學(xué)術(shù)界的中心位置，直到兩次世界大戰(zhàn)的爆發(fā)，使得研究和教育的重心被轉(zhuǎn)移。然而在發(fā)達(dá)國(guó)家的教育體系不斷更新和發(fā)展的過(guò)程中，她一直擔(dān)任著舉足輕重的角色，成功地引領(lǐng)了歐洲大學(xué)制度的改革。