1495年2月，當時的阿伯丁主教威廉·艾爾芬斯通受蘇格蘭國王詹姆士四世差遣，到羅馬求見教皇亞歷山大六世，希望教皇御許于阿伯丁老城區(qū)（Old Aberdeen）成立一所大學(xué)，稱國王學(xué)院（King's College）。

教皇在1495年2月6日與艾爾芬斯會面，在細細詢問過為何要于阿伯丁成立大學(xué)、以及財政方面如何維持之后，覆以教皇訓(xùn)令（Papal Bull），阿伯丁大學(xué)正式成立。大學(xué)在剛成立的時候一共只有36名教師和學(xué)生。1497年，大學(xué)設(shè)立了世界上第一個講英語的醫(yī)學(xué)教學(xué)職位，同時成立了英語系國家第一所醫(yī)學(xué)院。大學(xué)主要為蘇格蘭北部培養(yǎng)醫(yī)生、教師和牧師，并為當時的蘇格蘭政府培養(yǎng)律師和管理人才。1593年，第五代馬修伯爵喬治·基斯在南面阿伯丁的新城區(qū)中心地區(qū)創(chuàng)立了阿伯丁第二所的大學(xué)馬修學(xué)院（Marischal College）。1860年，兩所學(xué)院根據(jù)英國議會通過的“1858年蘇格蘭大學(xué)法案”（Universities (Scotland) Act 1858）合并，正式稱為阿伯丁大學(xué)。法案還同時規(guī)定大學(xué)的校齡從國王學(xué)院起算，因而是蘇格蘭第三和英國第五老的大學(xué)。之前的四所大學(xué)按建校時間先后順序分別是牛津大學(xué)、劍橋大學(xué)、圣安德魯斯大學(xué)和格拉斯哥大學(xué)。合并后的國王學(xué)院校址主要教授人文藝術(shù)和神學(xué)，而馬修學(xué)院所在地主要教授醫(yī)學(xué)和法律。1892年，新的科學(xué)院在馬修學(xué)院內(nèi)建立。1894年，大學(xué)第一批女學(xué)生入學(xué)。1950年，大學(xué)大量增加招生，馬修學(xué)院由于地處阿伯丁市中心，逐漸無法容納越來越多的師生。除醫(yī)科外，大學(xué)的主要授課地點逐漸往北面的國王學(xué)院原址遷移。馬修學(xué)院主要只作為藝術(shù)博物館和學(xué)生畢業(yè)的大禮堂之用，而其古老優(yōu)美的建筑風格也是阿伯丁市中心的旅游景點之一。2001年阿伯丁區(qū)的北部教育學(xué)院合并，教育系于同年成立。在2003年大學(xué)做出內(nèi)部重組，之前五個學(xué)系重組成三個學(xué)院。學(xué)院內(nèi)的小學(xué)院，如商學(xué)院等亦于同年成立。2006年，在2月大學(xué)與阿伯丁市地區(qū)政府達成協(xié)議，將馬修學(xué)院租給阿伯丁市地區(qū)政府作為辦公室使用，年期為175年。大學(xué)作出一連串大規(guī)模投資，為未來作出準備。大學(xué)在未來十年將會使用2.3億英鎊來提升學(xué)校的設(shè)備。投資項目包括醫(yī)學(xué)大樓，圖書館，體育中心等等。大學(xué)更成立了一系列的“第六世紀獎學(xué)金”并在各科增聘了多位教授。