慕尼黑大學現(xiàn)有18個學院，天主教神學院 ，基督教神學院 ，法學院 ，企業(yè)經(jīng)濟學院 ，國民經(jīng)濟學院 ，醫(yī)學院 (包括. 牙醫(yī)學) ，獸醫(yī)學院 ，歷史及藝術學院 ，哲學，科學哲學及宗教學院 ，心理學及教育學院文化學院 ，語言學及文學院 ，社會學院 ，數(shù)學，信息學及統(tǒng)計學院 ，物理學院 ，化學及藥學院 ，生物學院 ，地質(zhì)學院 。

慕尼黑大學成就突出的學院有企業(yè)經(jīng)濟學院、醫(yī)學院、法學院、社會學學院、物理學院、化學學院、林學院、獸醫(yī)學院等。慕尼黑大學大多學科都具有很高的國際知名度，比如人類醫(yī)學， 動物醫(yī)學，自然科學領域的數(shù)學，物理， 化學， 生物學等，以及社會人文學科中的法學，經(jīng)濟學， 語言學，神學（現(xiàn)今天主教羅馬教皇就多年來任教于神學院），心理學，教育學等等。慕尼黑大學知名度最高的是社會人文學科和加速器實驗室。慕尼黑大學的科研人員每年榮獲多項學術獎勵：如德國科學基金會的“戈特弗里德 威廉 萊布尼茨獎”和“Koeber獎”，截至2007年，慕尼黑大學已有32人獲諾貝爾獎。