東吳大學(xué)十九世紀(jì)中葉以后，清廷不敵英法俄日等國侵略，被迫簽下數(shù)紙不平等條約。

戰(zhàn)事連連潰敗使政府及百姓喪失了信心，社會呼吁改革及學(xué)習(xí)列強(qiáng)之長的聲浪日增。在這樣的時代背景下，美國基督教會來到中國興辦教育事業(yè)。監(jiān)理會（The Methodist Episcopal Church, South）是美國基督教重要差會之一，1846年成立，本部設(shè)于田納西州。1879年起該會先后在蘇州創(chuàng)辦博習(xí)書院（Buffington Institute）、宮巷書院（Kung Hang School） ，在上海創(chuàng)辦中西書院（Anglo-Chinese College） 。1900年決議合并三書院，以宮巷書院為基礎(chǔ)，在蘇州天賜莊博習(xí)書院舊址，擴(kuò)建為大學(xué)。1900年12月制定校董會章程，推林樂知（Young J. Allen）先生（萬國公報創(chuàng)辦人）為董事長、孫樂文先生（David L. Anderson）為校長。二十世紀(jì)初中國第一所民辦大學(xué)東吳大學(xué)正式誕生。 東吳大學(xué)創(chuàng)辦初期之二十六年，歷經(jīng)三位美籍校長孫樂文（David L. Anderson）、葛賚恩（John W. Cline）及文乃史（W. B. Nance）。這個時期的辦學(xué)經(jīng)費(fèi)主要來自于捐款及學(xué)費(fèi)。校園內(nèi)的教學(xué)大樓林堂、孫堂及葛堂及教職學(xué)生宿舍等設(shè)施陸續(xù)興建完成，校園規(guī)模日趨完整。學(xué)科發(fā)展包括文、理、醫(yī)學(xué)、神學(xué)及法科（在上海昆山路），另有四所附中、二十所附小、惠寒小學(xué)、吳語學(xué)校等組成完整的東吳教育體系。各學(xué)科除在學(xué)術(shù)研究上表現(xiàn)突出，更為社會培養(yǎng)無數(shù)專業(yè)人才。學(xué)校以「Unto a Full-grown Man」為校訓(xùn)強(qiáng)調(diào)學(xué)生人格的陶冶。 五四運(yùn)動期間，東吳學(xué)生籌組學(xué)生會，一般的學(xué)生社團(tuán)則以學(xué)術(shù)研究、辯論及體育活動為主。東吳大學(xué)早期在三位校長的努力下，為日后校務(wù)發(fā)展奠定良好的基礎(chǔ)。 五四運(yùn)動激發(fā)了中國知識分子的愛國熱情，為順應(yīng)中國社會的潮流，東吳大學(xué)逐步進(jìn)行中國化的過程。1926年首先廢除宗教必修課程，禮拜儀式亦改為學(xué)生自由參加。繼而改組校董會，三分之二的成員改由中國人擔(dān)任。1927年楊永清先生當(dāng)選首任中國籍校長，訂「養(yǎng)天地正氣 法古今完人」為中文校訓(xùn)；1929年南京國民政府正式核準(zhǔn)東吳大學(xué)在國民政府注冊立案。 此后十年各項校務(wù)發(fā)展成果豐碩令人矚目。1930年時學(xué)校共有文、理及法三學(xué)院，十二個學(xué)系。在教學(xué)方面積極籌款推動學(xué)術(shù)研究、加強(qiáng)師資陣容提升教學(xué)品質(zhì)、推動師生以其專業(yè)服務(wù)社會。校園內(nèi)主要建筑設(shè)施均在此階段建成或動工。1930年學(xué)生人數(shù)達(dá)755人為全國基督教大學(xué)之冠。 1937年爆發(fā)抗日戰(zhàn)爭，此后八年東吳大學(xué)蘇州上海兩校區(qū)受戰(zhàn)事影響，輾轉(zhuǎn)遷徙各地。其間隨戰(zhàn)況發(fā)展演變，兩校區(qū)或各自遷校或與他校聯(lián)合辦學(xué)，雖烽火連天但教學(xué)活動未曾稍息。直至1945年抗戰(zhàn)勝利，東吳大學(xué)師生紛紛自各地返回上海及蘇州校園，展開復(fù)校的艱巨工作。1952中共進(jìn)行院系調(diào)整，東吳大學(xué)在上海的法學(xué)院，并入華東政法學(xué)院，會計系并入上海財經(jīng)學(xué)院；在蘇州的文理學(xué)院部份學(xué)系就地移交蘇南師范學(xué)院，1952年12月蘇南師范學(xué)院改名江蘇師范學(xué)院。1982年，江蘇師范學(xué)院改制為蘇州大學(xué)。1949年秋大陸易幟，國民政府遷臺。東吳大學(xué)在臺校友倡議復(fù)校，1951年籌組董事會，于 市漢口街借屋設(shè)東吳補(bǔ)習(xí)學(xué)校，設(shè)法政、商業(yè)、會計及英文四科。1954年教育部以東吳補(bǔ)習(xí)學(xué)校辦學(xué)績效卓著，核準(zhǔn)先行成立東吳大學(xué)恢復(fù)法學(xué)院，設(shè)法律、政治、經(jīng)濟(jì)、會計四系并附設(shè)外國語文學(xué)系，為 第一所私立大學(xué)。1957年購得士林外雙溪土地七甲加上士林鎮(zhèn)公所贈與之土地共十五甲，此時石超庸校友接任院長，積極推動建校事宜。 兩年內(nèi)完成第一棟教學(xué)大樓（寵惠堂）及學(xué)生活動中心。1961年全校由 市漢口街遷到外雙溪現(xiàn)址。至此東吳師生終于有了一個屬于自己的美麗校園。在臺復(fù)校的過程艱辛坎坷，衛(wèi)理公會及美國基督教高等教育聯(lián)合會未予支持，物質(zhì)條件極其窘困。但在董事會苦心奔走，海內(nèi)外校友及教會熱誠捐助下，東吳依然堅守嚴(yán)謹(jǐn)校風(fēng)踏實辦學(xué)，為東吳學(xué)子樹立了良好的典范。 遷入外雙溪校區(qū)后的二十年，是東吳大學(xué)在臺復(fù)校后的關(guān)鍵成長期。歷經(jīng)石超庸（任期1957~1968）、桂崇基（任期1968~1969）及端木愷（任期1969~1983）三任校長。石校長任內(nèi)全心致力教學(xué)水準(zhǔn)的提升，學(xué)生成績采嚴(yán)格的淘汰率，為學(xué)校奠立穩(wěn)定的根基。1969年教育部終于核準(zhǔn)東吳大學(xué)恢復(fù)大學(xué)建制。 端木校長接任后則積極開創(chuàng)發(fā)展，任內(nèi)增設(shè)十二個學(xué)系、七個研究所、三個博士班，圖書館、哲生樓、音樂館及教師研究大樓等校舍相繼建成，又在 市貴陽街設(shè)城區(qū)部，并興建兩棟教學(xué)大樓。教學(xué)設(shè)施日趨完善，校區(qū)規(guī)模已然成型。愛校的熱情凝聚了董事會、全體師生及校友，東吳人憑借著堅強(qiáng)的毅力走過慘澹歲月，培育英才無數(shù)，締造了辦學(xué)佳績，也贏得社會的認(rèn)同與支持 東吳大學(xué)經(jīng)過過去二十年的耕耘，已成為一結(jié)構(gòu)完整的綜合性大學(xué)。此時期的東吳大學(xué)發(fā)展為兩個校區(qū)。外雙溪校區(qū)位于文化風(fēng)景區(qū)，安置文、外語及理三學(xué)院；城中校區(qū)位于政經(jīng)文化中心，安置法、商兩學(xué)院及推廣部。兩校區(qū)均屬 市的精華區(qū)域。東吳大學(xué)已演變成一有特色、有內(nèi)涵、有制度的精致大學(xué)。歷任校長致力于提升學(xué)術(shù)研究能力、拓展與國際及大陸的學(xué)術(shù)交流、推行校務(wù)運(yùn)作制度化，并與社區(qū)建立良好互動關(guān)系。東吳與附近中小學(xué)形成一校群彼此支持。國內(nèi)各地校友會、系友會及校友總會亦相繼成立。 公元二千年東吳慶祝建校一百年，展望未來東吳大學(xué)仍將秉持「養(yǎng)天地正氣 法古今完人」的校訓(xùn)精神，以「教育而得天下之英才」的辦學(xué)理念，培育「樸實熱誠堅毅 專業(yè)通識宏觀」的青年學(xué)子。不僅要維護(hù)學(xué)校作為人才培育的勝境，更在新世紀(jì)致力發(fā)展成為學(xué)術(shù)研究的清源。 建國前，中國共有14所教會大學(xué)，分別是燕京大學(xué)、齊魯大學(xué)、東吳大學(xué)、圣約翰大學(xué)、之江大學(xué)、華西協(xié)和大學(xué)、華中大學(xué)、金陵大學(xué)、華南女子文理學(xué)院、湘雅醫(yī)科大學(xué)、金陵女子文理學(xué)院、滬江大學(xué)、嶺南大學(xué)、協(xié)和大學(xué)等。雖然數(shù)量不多，但起點很高。在當(dāng)時的歷史條件下，特別是在20世紀(jì)20年代以后，教會大學(xué)在中國教育近代化過程中起著某種程度的示范與導(dǎo)向作用。因為它在體制、機(jī)構(gòu)、計劃、課程、方法乃至規(guī)章制度諸多方面，更為直接地引進(jìn)西方近代教育模式，從而在教育界和社會上產(chǎn)生頗為深刻的影響。由此可見，教會大學(xué)史是中國近代教育史不可缺少的重要篇章，它們?yōu)橹袊叩冉逃鞒隽瞬豢赡绲呢暙I(xiàn)。