該校是首批具有博士學位和碩士學位授予權的單位，現(xiàn)有一級學科博士授權專業(yè)點7個、一級學科碩士授權專業(yè)點3個，是國務院學位委員會自行審核博士學位授權一級學科點和碩士學位授權一級學科點的委托學位授予單位。

現(xiàn)有一級學科國家重點學科2個，二級學科國家重點學科8個，三級學科國家重點學科2個，國家重點培育學科1個。 ***重點學科一級學科國家重點學科二級學科國家重點學科三級學科國家重點學科國家重點培育學科生物學免疫學外科學（胸心外科）外科學（普外科）藥學病理學與病理生理學外科學（骨外科）皮膚病與性病學影像醫(yī)學與核醫(yī)學婦產科學腫瘤學麻醉學內科學北京市重點學科一級學科重點學科二級學科重點學科三級學科重點學科基礎醫(yī)學護理學外科學（普外科）眼科學流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計學 一級學科博士學位授權點： 生物學、生物醫(yī)學工程、基礎醫(yī)學、臨床醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、中西醫(yī)結合、藥學、護理學。一級學科碩士學位授權點： 口腔醫(yī)學、中藥學、圖書館、情報與檔案學。專業(yè)學位碩士授權點： 全科醫(yī)學、臨床病理學、口腔醫(yī)學、公共衛(wèi)生、護理、藥學。博士后流動站：基礎醫(yī)學、臨床醫(yī)學、生物醫(yī)學工程、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、藥學、生物學。 附屬醫(yī)院 學校擁有六所附屬醫(yī)院：北京協(xié)和醫(yī)院、阜外心血管病醫(yī)院、中國醫(yī)學科學院腫瘤醫(yī)院、中國醫(yī)學科學院整形外科醫(yī)院、天津血液病醫(yī)院、南京皮膚病醫(yī)院），此外學校還擁有北京天壇醫(yī)院（與北京市共建）、中國航天科技集團公司總醫(yī)院、煤炭工業(yè)部總醫(yī)院等教學醫(yī)院。所屬醫(yī)院技術力量、學術水平雄厚，領先，是集醫(yī)療、教學和科研為一體的綜合性醫(yī)療服務體系，它們和北京協(xié)和醫(yī)院一道，成為培養(yǎng)碩士生、博士生的臨床訓練和科學研究的重要基地。其中北京協(xié)和醫(yī)院以其專家優(yōu)勢、技術優(yōu)勢、資源優(yōu)勢被國家衛(wèi)生部指定為“全國疑難病癥技術指導中心”之一，它所擁有的病案室與名教授和圖書館一起被譽為“協(xié)和三寶”，北京協(xié)和醫(yī)院以及學校所屬的腫瘤醫(yī)院、阜外心血管病醫(yī)院、血液病醫(yī)院、皮膚病醫(yī)院和整形外科醫(yī)院都是國內相關領域居于領導地位的?？漆t(yī)院，這些技術力量為學生在臨床實踐中提高基本技能、基本操作創(chuàng)造了良好的條件。圖書館北京協(xié)和醫(yī)學院圖書館 是歷史悠久，藏書豐富（>86萬冊）的醫(yī)學專業(yè)圖書館；協(xié)和自建校以來就非常重視圖書館建設，該院校圖書館歷史悠久、藏書豐富，2000年被指定為國家科技圖書文獻中心醫(yī)學分中心，也是聯(lián)合國世界衛(wèi)生組織衛(wèi)生與生物醫(yī)學信息合作中心， 藏書以生物醫(yī)學書刊為主，藏書51.2萬冊，電子圖書1.5萬冊，外文醫(yī)學期刊5000余種。此外，還藏有千余部中醫(yī)古籍。按照數(shù)字圖書館發(fā)展方向，該校進行協(xié)和特色館藏資源數(shù)字化，整合資源，自建“中國生物醫(yī)學文獻數(shù)據(jù)庫”、“北京協(xié)和醫(yī)學院研究生學位論文庫”、“1983－2000年全國外文生物醫(yī)學期刊館藏聯(lián)合目錄數(shù)據(jù)庫（網(wǎng)絡版）”、“全國高等院校醫(yī)藥圖書館預訂外文期刊聯(lián)合目錄數(shù)據(jù)庫”、“醫(yī)科院圖書館數(shù)字資源整合平臺”、“突發(fā)公共衛(wèi)生事件每日科技快訊信息服務平臺”、“NSTL艾滋病預防與控制熱點門戶”等數(shù)據(jù)庫和平臺。其擁有的中國醫(yī)學文獻分析和檢索系統(tǒng)向全國提供醫(yī)學信息，并在全國建立起醫(yī)學信息網(wǎng)，為教學、科研和醫(yī)療工作提供了珍貴的信息資源。病案室協(xié)和的病案室保存有孫中山、梁啟超、張學良、宋美齡等名人的材料。協(xié)和注重對病案的系統(tǒng)管理和醫(yī)學生采集病史，寫好病案的培養(yǎng)。保存的近220萬冊病案，對疾病治療和科研起到了重要作用。 學校與近20個國家（或地區(qū)）的醫(yī)學院校和科研機構建立了科技、教育、醫(yī)療合作關系成立了10個世界衛(wèi)生組織合作中心，并已成為國際生物醫(yī)學研究高層組織（HIROS）成員單位。通過與世界衛(wèi)生組織研究合作中心的合作和交流，引進智力，爭取資金，促進了科研、醫(yī)療和教育的發(fā)展。協(xié)和已有200余名國外專家、學者被授予協(xié)和醫(yī)大名譽教授或客座教授稱號，有美國NIH院長Elias A.Zerhouni，美國科學院、工程院、醫(yī)科院，中國科學院外籍院士馮元楨，諾貝爾獎獲得者LeeH Hartwell、Tim Hunt、John Walker、丁肇中等。經國務院學位委員會批準，該校分別授予馬耳他共和國前總統(tǒng)文森特·塔博恩和美國中華醫(yī)學基金會前**布坎南、施瓦茨名譽醫(yī)學博士學位。美國前總統(tǒng)克林頓、世界衛(wèi)生組織前總干事李鐘郁先生都曾到院校訪問交流。自1985年來，學校相繼和美國哈佛大學醫(yī)學院、澳大利亞西澳大學醫(yī)學院，美國加州大學舊金山分校醫(yī)學院、香港中文大學醫(yī)學院、香港大學醫(yī)學院、澳門鏡湖護理學院簽訂了校際交流的協(xié)議，互相交換高年級學生到對方學校進行短期臨床學習。自1993年起學校獲準招收外國自費留學生，1997年起又獲準招收該國 、香港、澳門地區(qū)學生，先后有美國、加拿大、新西蘭、馬來西亞、印度尼西亞、英國和 、澳門地區(qū)的學生來校學習。經國家衛(wèi)生部和教育部批準，協(xié)和醫(yī)大在美國中華醫(yī)學基金會（紐約）的資助下，自1995年起還設立了該國首個醫(yī)學博士和理學博士（M.D. & Ph.D.）雙學位教育項目，實現(xiàn)了與國際高層次醫(yī)學教育的接軌。該項目選拔少數(shù)經過八年學習、取得醫(yī)學博士（M.D.）學位的優(yōu)秀畢業(yè)生，繼續(xù)學習3年時間，進一步加強其科學研究能力的訓練。