澳門大學與多所中國內(nèi)地及香港、 的大學進行合作交流，內(nèi)容包括科研合作、學者互訪、學生交流以及合辦學術(shù)活動與課程等。

2015年起，澳門大學與南方科技大學合作聯(lián)合培養(yǎng)博士生，修讀年限為三至五年。前1.5年在澳門大學修讀課程，其余時間在南科大完成科研任務(wù)，最后在澳門大學完成論文答辯，授予澳門大學學位證。 2016年，中國科學院上海藥物研究所與澳門大學中華醫(yī)藥研究院簽訂聯(lián)合培養(yǎng)研究生合作協(xié)議。中科院微生物研究所與澳門大學健康科學學院簽署關(guān)于成立“健康認知與免疫學重點實驗室”合作意向書。 該校與珠海市政府積極合作，共同建立全面緊密合作關(guān)系，在教育、科研、人才培養(yǎng)等方面加強合作。2016年，澳門大學和珠海市人民醫(yī)院強強聯(lián)合成立精準醫(yī)學診療中心，并聘請生命科學研究領(lǐng)域知名專家、澳門大學健康科學學院院長鄧初夏教授和南方醫(yī)科大學張民強教授為醫(yī)院特聘教授。根據(jù)《泰晤士高等教育》公布2014/15年度世界大學排名榜，澳門大學晉身世界大學前300名，位列276至300名之間。 根據(jù)《泰晤士高等教育》公布2015年「全球創(chuàng)校50年內(nèi)最佳100所大學排行榜」，澳門大學躋身第39名。 在2014年QS亞洲大學排名中，澳門大學排名亞洲201至250位。2014年上海交通大學“世界一流大學研究中心”發(fā)布2014年“中國兩岸四地大學百強排名”，澳門大學位列澳門特區(qū)第1位。 2013年上海交通大學發(fā)布的兩岸四地大學排名中，澳門大學位列港澳地區(qū)第7位，澳門特區(qū)第1位。 2015年，由中國校友會發(fā)布的“兩岸四地大學星級排名“顯示，澳門大學獲得五星級-中國一流大學(★★★★★)，名列澳門地區(qū)第1位，港澳臺地區(qū)第5位。2014年，在中國校友會發(fā)布的兩岸四地大學星級排名中，澳門大學被評為五星級-中國一流大學(★★★★★)，名列澳門地區(qū)第1位，港澳地區(qū)第4位。