在日本大學院的專業(yè)劃分中，生物信息學只是生物學相關專業(yè)的一個分支，相關的研究室會分布在理學研究科，藥學研究科，醫(yī)學研究科和農(nóng)學研究科。

大致來說，理學農(nóng)學做生物基因組和進化比較多；藥學做蛋白質(zhì)結構相關比較多；醫(yī)學做臨床數(shù)據(jù)分析的比較多；情報理工的可能做軟件工具和算法開發(fā)的比較多，融合學科類可能就是什么都做。建議在選擇專業(yè)的時候，多看一下每個研究室的研究內(nèi)容。

推薦院校：東京大學、京都大學、東京工業(yè)大學、大阪大學、東北大學、早稻田大學、筑波大學、橫濱市立大學。