加州大學圣地亞哥分校設有5個學術型研究學部（Division）和5個專業(yè)型研究學院（School），提供研究生學位教育和本科專業(yè)課程。

專業(yè)型研究學院包括：

1、雅各布斯工程學院（Jacobs School of Engineering）

2、雷迪管理學院（Rady School of Management）

3、全球政策與戰(zhàn)略學院（School of Global Policy and Strategy）

4、斯卡格斯藥劑學院（Skaggs School of Pharmacy & Pharmaceutical Sciences）

5、醫(yī)學院（School of Medicine）