東京農(nóng)工大學(xué)是一所日本一流的研究型國立大學(xué)，日本卓越研究生院計劃的13所頂尖院校之一。2021年QS世界大學(xué)排名，東京農(nóng)工大學(xué)排第601-650位。東京農(nóng)工大學(xué)注重產(chǎn)學(xué)研合作，其教員同企業(yè)的共同研究人均實施件數(shù)排名日本第一，從企業(yè)獲得的人均科研經(jīng)費排名日本第五，2011年的知識產(chǎn)權(quán)收入排名全日本第一。

東京農(nóng)工大學(xué)是一所小規(guī)模的單科大學(xué)，設(shè)有農(nóng)學(xué)和工學(xué)兩個院系。作為專注科學(xué)研究，小而精的日本著名研究型國立大學(xué)，東京農(nóng)工大學(xué)在規(guī)模極小的情況下卻誕生了諸多世界頂尖的科研成果。東京農(nóng)工大學(xué)長年積累形成的科研實力、科研成果的展示推廣能力以及統(tǒng)籌產(chǎn)官學(xué)協(xié)作能力，達到校外各界公認的頂級水平，由此各界公認該大學(xué)實力不亞于規(guī)模超過該大學(xué)的綜合性大學(xué)。