總體來說，東京大學(xué)要好于京都大學(xué)，京都大學(xué)和東京大學(xué)都是日本數(shù)一數(shù)二的學(xué)校，東京大學(xué)是一所綜合性很強的學(xué)校，相比而言京都大學(xué)比較偏理科。不過每所大學(xué)都有每所大學(xué)的優(yōu)勢專業(yè)，所以也不能單純的說東京大學(xué)好還是京都大學(xué)好。

2021年QS世界大學(xué)排名，京都大學(xué)排第38位，東京大學(xué)排第24位；2020年U.S. News世界大學(xué)排名，京都大學(xué)排第124位，東京大學(xué)排第74位；2021年泰晤士高等教育世界大學(xué)排名，京都大學(xué)排第54位，東京大學(xué)排第36位；2020年軟科世界大學(xué)學(xué)術(shù)排名，京都大學(xué)排第34位，東京大學(xué)排第26位。