1、哈爾濱港哈爾濱港是我國東北內(nèi)河最大的水陸換裝樞紐港和國際口岸港，港口位于松花江中游右岸、市區(qū)東北部，經(jīng)水路上通嫩江沿岸市縣，下達佳木斯、同江等口岸，沿黑龍江與俄哈巴、布市、共青城等遠東重地相通；擔(dān)負著黑龍江、松花江、烏蘇里江三條大江沿江市縣所需物資運輸和對俄進出口貿(mào)易的中轉(zhuǎn)換裝任務(wù)。

1989年7月被國務(wù)院批準為一類開放口岸。哈爾濱港原為交通部直屬企業(yè)，2000年下放黑龍江省，現(xiàn)隸屬于企業(yè)工業(yè)委員會領(lǐng)導(dǎo)下的黑龍江航運集團有限公司。

2、佳木斯港佳木斯港黑龍江水系較大的水陸換裝樞紐港口，是東北內(nèi)河第二大港口。佳木斯港位于黑龍江省佳木斯市東北部，松花江下游南岸，是國家一類對外開放口岸。地理坐標(biāo)東經(jīng)130°22′，北緯46°49′。佳木斯港是黑龍江、烏蘇里江和松花江三江水系的重要樞紐港，也是黑龍江省和佳木斯市的主要進出口口岸。港口幅射全省沿江各地，水運航線四通八達，沿松花江上行可達省會哈爾濱市，沿松花江下行至同江，便進入中俄接壤的界江黑龍江和烏蘇里江。

3、黑河港黑河港黑龍江上的第一大港。位于黑龍江省北部，黑龍江中游右岸，黑河市區(qū)內(nèi)，與俄羅斯布拉戈維申斯克（海蘭泡）隔江相望。清代，隨著黑龍江上、中游沿岸的黃金開采和農(nóng)業(yè)墾殖，黑河碼頭隨之發(fā)展起來，并在碼頭附近興建許多糧倉、旅店、飯館等，形成了既是碼頭又是物資集散的集鎮(zhèn)。在沙俄壟斷航權(quán)時期，黑河碼頭幾經(jīng)興衰，直到中國收回航權(quán)后，由松花江直達黑河瑪頭的船隊才逐漸增多。

30年代初，黑河碼頭年出口木材6000余噸，進口貨物2000噸左右。

4、撫遠港撫遠港位于黑龍江省撫遠縣政府所在地撫遠鎮(zhèn)，距俄羅斯哈巴羅夫斯克市（伯力）65km，1992年5月國務(wù)院批準為一類對外開放客貨運輸口岸。有千噸級泊位2個。辦公樓及候船廳一棟1070 m2。水運沿黑龍江可上溯到黑河、漠河，并經(jīng)松花江到佳木斯、哈爾濱等地；沿黑龍江向上直達俄羅斯的沿江城市，并可出海，抵日本、南韓等國及國內(nèi)東南沿海各港口。沿烏蘇里江可達饒河、虎林等縣，水運條件非常優(yōu)越，撫遠鎮(zhèn)距國內(nèi)鐵路最近的前進鎮(zhèn)站160km。

5、同江港同江港位于黑龍江省東北部松花江與黑龍江匯流處，同江市境內(nèi)。港口水域?qū)掗?，碼頭水位較深，是中俄水上貿(mào)易的中型港口和江海聯(lián)運進出口貨物的換裝港。因其地扼控松花江與黑龍江，清末，1906年（清光緒三十二年）吉林將軍奏準，于拉哈蘇蘇（今同江鎮(zhèn)）設(shè)置臨江州。

1910年（清宣統(tǒng)二年），辟為對俄邊境貿(mào)易口岸，并建拉哈蘇蘇海關(guān)。江港口進行改造擴建，將原來的自然岸壁碼頭分別建成客運、雜貨、糧食墩柱式碼頭，達435米延長線，配備了皮帶輸送機械17臺（組），港口吞吐能力有了很大提高。