你好！你說的這種情況有兩種處理方法：1，你的簽證是單次簽證的，入境后自動失效，長期在留資格持有者的有效滯在手續(xù)是【在留卡】，以此為準(zhǔn)，憑此出入境。

所以這種情況不需要補(bǔ)辦留學(xué)簽證。

2，你的簽證是多次往返簽證的，離開日本時系統(tǒng)有記錄，也是不會影響。但是再次反回，可能需要重新申請簽證或者到使領(lǐng)館加注。希望我的回答對你有幫助。