深圳港口有：蛇口碼頭、福永碼頭、鹽田碼頭、赤灣碼頭、媽灣碼頭。

1、蛇口碼頭蛇口客運(yùn)碼頭，始建于1981年。

2016年10月30日蛇口客運(yùn)碼頭正式停運(yùn)。結(jié)束了35年的客運(yùn)服務(wù)。蛇口客運(yùn)碼頭業(yè)務(wù)搬至蛇口郵輪中心。

10月31日，蛇口郵輪中心正式開門營(yíng)業(yè)，市民可在此坐船前往香港、澳門和珠海。

2、福永碼頭深圳機(jī)場(chǎng)碼頭（舊稱：福永碼頭/深圳機(jī)場(chǎng)福永碼頭），英文名：Shenzhen Airport Ferry Terminal，位于深圳寶安國(guó)際機(jī)場(chǎng)西南位置，距機(jī)場(chǎng)T3航站樓僅2公里。

3、鹽田碼頭鹽田港（Yantian Port），是中國(guó)廣東省深圳市港口，位于深圳市南大鵬灣北岸，西臨沙頭角，西北經(jīng)24千米鐵路達(dá)深圳市，東至惠州72千米，南為小梅沙。

4、赤灣碼頭赤灣港在深圳經(jīng)濟(jì)特區(qū)西部的南頭半島頂端，位于珠江口東岸，距香港在20海里。距珠海、澳門在50海里，水、陸路距廣州約150公里。

5、媽灣碼頭深圳媽灣港區(qū)該港區(qū)內(nèi)主要有海星港口發(fā)展有限、深圳樂意液體倉(cāng)庫(kù)倉(cāng)儲(chǔ)有限公司、深圳月亮灣油料港務(wù)有限公司、南油港口倉(cāng)儲(chǔ)發(fā)展有限公司、深圳市滬星拖輪有限公司、深圳市能源港務(wù)有限公司等，其主要經(jīng)營(yíng)散雜貨、液體化工產(chǎn)品、油品和煤炭等。