南航地處浦東國際機場第二航站樓，位于第一航站樓東側(cè)，建筑面積48萬平方米，充分體現(xiàn)了科學(xué)發(fā)展觀的要求，強化了“滿足基地航空公司及其聯(lián)盟中樞運作的需要”和“以人為本，最大限度方便旅客”的設(shè)計理念。
T2航站樓采用三層式航站樓結(jié)構(gòu)，方便旅客中第一層：到達區(qū)，旅客可在本層選擇搭乘交通工具：機場線、出租車站點。第二層：接機區(qū)，國內(nèi)到達2C；國際到達2A。第三層：出發(fā)區(qū)，國內(nèi)、國際航班旅客辦理值機手續(xù)、行李托運。南航的柜臺為L島（20—34）國內(nèi)值機區(qū)；D島（33—36）國際值機區(qū)。
