1908年，周自齊從美國(guó)回國(guó)，任外務(wù)右參。

不久，又遷升左參、右丞、左丞等職。同年，美國(guó)政府決定退還庚子賠款中的部分款項(xiàng)，用于辦學(xué)校和送中國(guó)學(xué)生去美國(guó)留學(xué)。

1928年正式更名為國(guó)立清華大學(xué)。周自齊在任游美學(xué)務(wù)處總辦和清華學(xué)堂監(jiān)督期間，親自主持選拔工作。他選拔留美學(xué)生的原則是“寧缺勿濫”，學(xué)生的中文要通達(dá)，身體要強(qiáng)壯，品行要純正，家世要清白，還不能有破相。經(jīng)過(guò)考試和精心挑選，前后共選派三批、180名留美學(xué)生。這些留美學(xué)生中很多人以后都成了國(guó)家的棟梁之才，如梅貽琦、趙元任、竺可楨、胡適等。