京都大學(xué)前身是1869年5月建立的第三高等學(xué)校。

1897年利用甲午戰(zhàn)爭的中國賠款，高校的法學(xué)部及工學(xué)部組成京都帝國大學(xué)，高校改設(shè)大學(xué)預(yù)科。同年設(shè)置理工科大學(xué)。

1899年設(shè)置法科大學(xué)以及醫(yī)科大學(xué)。

1906年設(shè)置文科大學(xué)。(帝國大學(xué)不設(shè)學(xué)院，下設(shè)分科大學(xué))大約20年后這些分科大學(xué)改稱學(xué)部(學(xué)院之意)。在第二次世界大戰(zhàn)后的學(xué)制改革中，第三高等學(xué)校剩余的部分(大學(xué)預(yù)科)并入京都大學(xué)。