福州高新區(qū)管委會屬于市政府派駐機構，根據(jù)市委、市政府決策部署，于2013年正式托管閩侯縣南嶼鎮(zhèn)及上街鎮(zhèn)建平、新洲、厚庭、馬排、馬保5個村，全面行使托管區(qū)域的經濟社會職能。

福州高新區(qū)實行“一區(qū)多園”的管理模式，下轄海西高新技術產業(yè)園、生物醫(yī)藥和機電產業(yè)園以及洪山、倉山、馬尾和福州軟件園等6個園區(qū)，并于2013年7月開始托管閩侯縣南嶼鎮(zhèn)和上街鎮(zhèn)5個村，整合后的福州高新區(qū)總面積約193.07平方公里(其中規(guī)劃建設面積約66平方公里)。