截至2013年，該校建有省部共建教育部重點實驗室1個，農(nóng)業(yè)部農(nóng)業(yè)科學(xué)觀測實驗站1個 ，自治區(qū)重點實驗室7個 。

共有7個研究所，其中校級研究所3個（草業(yè)研究所、林業(yè)研究所、馬業(yè)研究所），院級研究所4個（干旱區(qū)土壤與肥料研究所、干旱區(qū)荒漠研究所、經(jīng)濟社會發(fā)展研究中心、設(shè)施農(nóng)業(yè)研究所） 。各個二級學(xué)院下還設(shè)有新疆特色果樹研究中心、西甜瓜研究所、干旱區(qū)植物研究中心、物流工程研究所等研究所（中心）。省部共建教育部重點實驗室：西部干旱荒漠區(qū)草地資源與生態(tài)教育部省部共建實驗室教育部研究中心：棉花工程研究中心農(nóng)業(yè)部農(nóng)業(yè)科學(xué)觀測實驗站：西北草食動物營養(yǎng)與飼料科學(xué)觀測試驗站農(nóng)業(yè)部國家特色林果研究中心：香梨品種改良中心自治區(qū)級重點實驗室：新疆草地資源與生態(tài)實驗室、新疆肉乳用草食動物營養(yǎng)實驗室、寒冷干旱區(qū)水文水資源與水利工程實驗室、干旱區(qū)林業(yè)生態(tài)與產(chǎn)業(yè)技術(shù)實驗室、農(nóng)林有害生物監(jiān)測與安全防控實驗室、畜禽疫病防控與畜產(chǎn)品質(zhì)量安全實驗室、新疆農(nóng)業(yè)工程裝備創(chuàng)新設(shè)計實驗室自治區(qū)工程技術(shù)研究中心：新疆果品加工與保鮮工程技術(shù)中心、新疆水文水資源工程技術(shù)研究中心、新疆奶業(yè)工程技術(shù)研究中心自治區(qū)高校人文社科重點研究基地：干旱區(qū)農(nóng)村發(fā)展研究中心自治區(qū)教育廳普通高等學(xué)校重點實驗室：干旱區(qū)林業(yè)生態(tài)與產(chǎn)業(yè)技術(shù)重點實驗室新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)重點建設(shè)實驗室：新疆草地資源與生態(tài)重點實驗室、農(nóng)業(yè)生物技術(shù)重點實驗室、棉花工程研究中心、新疆農(nóng)業(yè)節(jié)水與水資源研究中心、農(nóng)業(yè)信息化與數(shù)字農(nóng)業(yè)研究中心、農(nóng)產(chǎn)品加工工程技術(shù)中心、新疆特色林果業(yè)研究中心、中亞農(nóng)業(yè)經(jīng)濟與農(nóng)產(chǎn)品貿(mào)易研究中心 2006年至2013年，該校共承擔縱向科研項目562項，其中國家科技支撐項目5項，國家科技支撐計劃課題22項，到位經(jīng)費近2.36億元。主持或參與完成的科研成果獲省部級以上獎勵60項，其中榮獲國家科技進步二等獎2項，自治區(qū)科技進步一等獎6項，自治區(qū)哲學(xué)社會科學(xué)成果獎一等獎3項。通過審定的品種12個，獲得專利81項 。 據(jù)2014年5月官網(wǎng)顯示，該校自2003年開始，累計承擔自治區(qū)農(nóng)業(yè)適用性技術(shù)推廣項目48項，到位經(jīng)費905萬元。與地州和企業(yè)共開展科技合作232項。僅南疆在研的科技合作項目34項，經(jīng)費達2645萬元?？蒲谐晒新┒肥饺撑派臣夹g(shù)及應(yīng)用，新疆科技進步獎一等獎，國家科技進步獎二等獎，該成果通過激光測試儀及五孔皮托球三維測試裝置的測試分析，揭示了懸沙排沙漏斗三維的清、渾水流場的水力學(xué)特性及泥沙輸移機理，把懸移質(zhì)與推移質(zhì)兩種排沙功能融為一體，能同時排除粒徑大于0.05mm的各級泥沙，經(jīng)專家鑒定為國際先進水平?！靶陆厣止咝Ч?jié)水綜合技術(shù)研究與應(yīng)用”,獲得新疆維吾爾自治科技進步獎一等獎。項目針對林果業(yè)灌溉技術(shù)面臨的重大關(guān)鍵問題，開展了果樹微灌、水肥耦合、田間微環(huán)境調(diào)控等關(guān)鍵技術(shù)研究，開發(fā)了適應(yīng)于林果微灌的低壓低能耗新技術(shù)，研制了具有自主知識產(chǎn)權(quán)的微灌系列新產(chǎn)品，形成農(nóng)業(yè)高效節(jié)水技術(shù)應(yīng)用和管理模式，建立了綜合試驗基地。該研究技術(shù)與地面灌技術(shù)相比，果樹平均增產(chǎn)10.6%、肥料利用率提高15.4%、水分利用效率平均提高32.7%；系列高效率過濾設(shè)備降低水頭損失1～3m，除砂效率提高15～25%。開發(fā)出的移動式滴灌機和過濾器已實現(xiàn)產(chǎn)業(yè)化。項目成果為實現(xiàn)新疆1700萬畝特色林果健康發(fā)展起到重要支撐作用，對干旱區(qū)農(nóng)業(yè)高效用水與水資源合理配置具有重要借鑒意義，研發(fā)的節(jié)水技術(shù)、產(chǎn)品、應(yīng)用模式具有廣泛的推廣應(yīng)用價值 。 館藏資源截至2014年3月，新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)圖書館藏書100余萬冊，期刊2200余種，中英文數(shù)據(jù)庫15個。是國家二級科技查新定點單位（1995年），聯(lián)合國糧農(nóng)組織出版物收藏館（1997年），教育部大學(xué)數(shù)字圖書館國際合作計劃（CADAL）項目新疆服務(wù)中心（2010年）和新疆少數(shù)民族文獻資源數(shù)字化加工中心（2010年） 。學(xué)術(shù)刊物《新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報》由新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)主辦，向國內(nèi)外公開發(fā)行的農(nóng)業(yè)綜合性學(xué)術(shù)期刊。創(chuàng)刊于1965年，2004年進入中國科技核心期刊。2008年入編《中國核心期刊要目總覽》之綜合性農(nóng)業(yè)科學(xué)類的核心期刊。為美國《化學(xué)文摘（網(wǎng)絡(luò)版）》、美國《劍橋科學(xué)文摘：自然科學(xué)版》、俄羅斯《文獻雜志》、英國《動物學(xué)記錄》、《公共健康》、《國際農(nóng)業(yè)與生物科學(xué)中心數(shù)據(jù)庫文摘》、《中國生物學(xué)文摘》、《中國生物學(xué)文獻數(shù)據(jù)庫》、《中國林業(yè)文摘》等國內(nèi)外重要文獻檢索和數(shù)據(jù)庫收錄。另外《中國期刊全文數(shù)據(jù)庫》、《中國學(xué)術(shù)期刊綜合評價數(shù)據(jù)庫》、《萬方數(shù)字化期刊群》、《中國科技期刊數(shù)據(jù)庫》等都已將學(xué)報作為來源期刊全文收錄 。