三十年戰(zhàn)爭(zhēng)中，勃蘭登堡被瑞典侵占，霍亨索倫家族被迫逃往柯尼斯堡。

1641年11月1日，大選帝侯腓特烈·威廉說服普魯士議會(huì)開征消費(fèi)稅。根據(jù)1656年1月的《柯尼斯堡條約》，腓特烈承認(rèn)普魯士公國(guó)為瑞典附庸國(guó)并與其結(jié)成同盟。而到了1657年，根據(jù)《韋勞條約》，普魯士又重歸波蘭同盟。直到1660年的《奧利瓦條約》，普魯士才脫離波蘭和瑞典，實(shí)現(xiàn)獨(dú)立。1661年，腓特烈·威廉向議會(huì)宣稱其擁有絕對(duì)權(quán)力，議會(huì)集會(huì)必須得到他的許可。柯尼斯堡市民在希羅尼穆斯·羅特的率領(lǐng)下，反對(duì)大選帝侯的專制主義，但腓特烈在軍隊(duì)的支持下成功保證了其威懾力。羅特被囚禁在派茨，直至1678年逝世。1663年10月18日，普魯士各階層在柯尼斯堡向腓特烈宣誓效忠 ，但拒絕腓特烈要求建立軍事基金的請(qǐng)求。陸軍上?？死锼沟侔病ぢ返戮S希·馮·卡爾克斯滕因此向波蘭尋求援助，但卡爾克斯滕卻被腓特烈派人綁架，1672年被處死。由此導(dǎo)致的結(jié)果是，1673年和1674年腓特烈在沒有得到許可的情況下收稅并在柯尼斯堡增加了一支駐軍?？履崴贡そ?jīng)濟(jì)和政治影響力勢(shì)微，容克的力量得到逐步增強(qiáng)。長(zhǎng)期以來，柯尼斯堡一直是勃蘭登堡-普魯士?jī)?nèi)路德宗抵抗加爾文宗的中心。1668年，腓特烈強(qiáng)迫城市接納信仰加爾文宗的公民和富人。