1、學(xué)校英文名稱縮寫不同：國立清華大學(xué)英文名稱縮寫為NTHU，而清華大學(xué)英文名稱縮寫為THU。

2、學(xué)校位置不同：國立清華大學(xué)位于中國臺灣省新竹市，清華大學(xué)位于中國北京市。

3、主管部門不同：國立清華大學(xué)主管部門為中國臺灣地區(qū)教育主管部門，清華大學(xué)主管部門為教育部。

4、學(xué)院設(shè)置不同：國立清華大學(xué)設(shè)有理學(xué)院、工學(xué)院、生命科學(xué)院、電機(jī)資訊學(xué)院、人文社會學(xué)院等；清華大學(xué)設(shè)有建筑學(xué)院、環(huán)境學(xué)院、人文學(xué)院、美術(shù)學(xué)院、藥學(xué)院等。