截至2012年12月，北醫(yī)擁有1個國家重點實驗室，1個國家工程實驗室，29個省部級重點實驗室和研究中心。
成立了糖尿病研究中心、醫(yī)學遺傳學中心、衰老研究中心、感染病研究中心、系統(tǒng)生物醫(yī)學研究所、臨床研究所、醫(yī)學信息學中心、中國衛(wèi)生發(fā)展研究中心等研究機構(gòu) 。國家重點實驗室：天然藥物及仿生藥物國家重點實驗室國家工程實驗室：口腔數(shù)字化醫(yī)療技術(shù)和材料國家工程實驗室教育部重點實驗室：分子心血管學教育部重點實驗室、神經(jīng)科學教育部重點實驗室、惡性腫瘤發(fā)病機制及轉(zhuǎn)化研究教育部重點實驗室、視覺損傷與修復(fù)教育部重點實驗室、慢性腎臟病防治教育部重點實驗室、輔助生殖教育部重點實驗室教育部工程研究中心：再生醫(yī)學教育部工程研究中心衛(wèi)生部重點實驗室：衛(wèi)生部精神衛(wèi)生學重點實驗室、衛(wèi)生部神經(jīng)科學重點實驗室、衛(wèi)生部腎臟疾病重點實驗室、衛(wèi)生部醫(yī)學免疫重點實驗室、衛(wèi)生部心血管分子生物學與調(diào)節(jié)肽重點實驗室、衛(wèi)生部生育健康重點實驗室衛(wèi)生部工程研究中心：衛(wèi)生部口腔醫(yī)學計算機應(yīng)用工程技術(shù)研究中心北京市重點實驗室：皮膚病分子診斷北京市重點實驗室、造血干細胞移植治療血液病研究北京市重點實驗室、丙型肝炎和肝病免疫治療北京市重點實驗室、脊柱疾病研究北京市重點實驗室、生殖內(nèi)分泌與輔助生殖技術(shù)北京市重點實驗室、磁共振成像設(shè)備與技術(shù)北京市重點實驗室、惡性腫瘤轉(zhuǎn)化研究北京市重點實驗室、食品安全毒理學研究與評價北京市重點實驗室、蛋白質(zhì)修飾與細胞功能北京市重點實驗室、兒科遺傳性疾病分子診斷與研究北京市重點實驗室、肝硬化肝癌外科基礎(chǔ)研究北京市重點實驗室、骨與軟組織腫瘤診治研究北京市重點實驗室、癡呆診治轉(zhuǎn)化醫(yī)學研究北京市重點實驗室等2014年度，醫(yī)學部共獲批973/重大科學研究、863計劃、科技支撐、衛(wèi)生公益性行業(yè)專項等國家科技計劃項目（課題）28項，經(jīng)費1.25億元。其中，張強牽頭的重大科學研究項目獲滾動支持，張強獲聘重大科學研究計劃項目首席科學家；陸林獲聘973計劃項目首席科學家。李立明牽頭的衛(wèi)生公益性行業(yè)專項獲得滾動支持。陶勇獲得醫(yī)學部在863計劃領(lǐng)域第一個青年科學家專題項目。2014年度獲批國家自然科學基金303項，批準經(jīng)費1.9億元。其中，第一醫(yī)院楊勇、陳旻，口腔醫(yī)院鄧旭亮獲國家杰出青年科學基金資助；第三醫(yī)院王樂今申報的國家重大科研儀器研制項目“植入式青光眼眼壓監(jiān)測與微引流智能儀器的研究”獲準立項，批準經(jīng)費710萬元。黃曉軍牽頭的《移植后白血病復(fù)發(fā)及移植物抗宿主病新型防治體系建立及應(yīng)用》、郭衛(wèi)牽頭的《原發(fā)惡性骨腫瘤的規(guī)范化切除及功能重建的系列研究》兩項成果獲得2014年度國家科技進步二等獎。2014年度SCI數(shù)據(jù)庫收錄的以北京大學醫(yī)學部為第一作者或通訊作者單位的文章總數(shù)為1930篇，北醫(yī)的科研論文產(chǎn)出數(shù)量和質(zhì)量逐年遞增，文章總數(shù)較去年的1456篇增長了32.6%，在國際著名期刊上發(fā)表的高水平文章的影響因子也逐年提高。黃曉軍團隊在《NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICIN》雜志上發(fā)表通訊；喬杰團隊在《NATURE》雜志上發(fā)表研究論文；紀立農(nóng)團隊在《LANCET》雜志上發(fā)表綜述；尹玉新團隊在《CELL METABOLISM》雜志上發(fā)表研究論文。2014年科研合同簽約462項，簽約資金12405萬元。基礎(chǔ)醫(yī)學院王凡教授的技術(shù)成果《新型特異性腫瘤顯像劑》，以3000萬元簽約資金，成功轉(zhuǎn)讓給廣東某藥業(yè) 。 館藏資源北京大學醫(yī)學圖書館源于1922年7月成立的國立北京醫(yī)學專門學校圖書館。藏書以生物及醫(yī)藥衛(wèi)生類為主，截至2010年5月，圖書館共有各類藏書70余萬冊（含附屬醫(yī)院圖書館）。收藏有中外文紙本期刊近4000種，其中中外文現(xiàn)刊781種。有電子期刊25198種,其中生物醫(yī)學類電子期刊5000余種。圖書館特藏包括珍、善本古代圖書，其中有中國大陸唯一珍善本手抄本《太平圣惠方》一部十函共100卷100冊。1985年，國家教育部在醫(yī)學部建立了全國唯一的醫(yī)學外國教材中心。1991年，圖書館被衛(wèi)生部確定為文獻資源共享網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)華北地區(qū)中心館。1993年被衛(wèi)生部醫(yī)學情報工作管理委員會確認為科研成果查新定點單位（北京大學醫(yī)學信息咨詢中心）。1998年教育部決定在北京大學醫(yī)學部設(shè)立中國高等教育文獻保障系統(tǒng)（CALIS）全國醫(yī)學文獻信息中心，作為“211工程”醫(yī)藥重點學科所需文獻的保障基地。2010年5月，被評為BALIS原文傳遞學科服務(wù)館，成為六家學科服務(wù)館之一 。學術(shù)刊物期刊雜志名稱主辦單位創(chuàng)刊時間地位北京大學學報（醫(yī)學版）北京大學1959年被各檢索系統(tǒng)收錄情況：國外：美國醫(yī)學文獻分析和聯(lián)機檢索系統(tǒng)、美國EBSCO、美國化學文摘數(shù)據(jù)庫及其《化學文摘》、俄羅斯《文摘雜志》和世界衛(wèi)生組織《醫(yī)學增補文摘》收錄、世界衛(wèi)生組織西太平洋地區(qū)醫(yī)學索引、日本科學技術(shù)振興機構(gòu)文獻數(shù)據(jù)庫。國內(nèi)：中國科技論文與引文數(shù)據(jù)庫、中國科學引文數(shù)據(jù)庫、中國生物醫(yī)學文獻數(shù)據(jù)庫、中文生物醫(yī)學期刊文獻數(shù)據(jù)庫和中文核心期刊要目總覽（第5版）核心期刊。也是《中國醫(yī)學文摘》、《中國生物學文摘》和《中國藥學文摘》收錄期刊。本刊全文入編萬方數(shù)字化期刊全文數(shù)據(jù)庫、中國期刊網(wǎng)和中國學術(shù)期刊（光盤版）全文數(shù)據(jù)庫。獲獎情況：1992年全國優(yōu)秀科技期刊評比三等獎，1997年第二屆全國優(yōu)秀科技期刊評比二等獎，2004年全國高校優(yōu)秀科技期刊評比一等獎，首屆中國高校精品科技期刊獎，第二屆中國高校精品科技期刊獎，第三屆中國高校精品科技期刊獎，2003年百種中國杰出學術(shù)期刊，2004年百種中國杰出學術(shù)期刊，2005年百種中國杰出學術(shù)期刊，2006年百種中國杰出學術(shù)期刊 。中國生物化學與分子生物學報中國臨床藥理學雜志中國藥學會1985年全國一級學術(shù)刊物、中文核心期刊 。中國藥物依賴性雜志中國生育健康雜志北京大學2002年衛(wèi)生部直屬單位專業(yè)技術(shù)職稱評審的核心期刊 。中國藥學（英文版）中國藥學會1992年為中國科技核心期刊（中國科技論文統(tǒng)計源期刊）、《化學文摘》、美國《烏利希期刊指南》、英國《國際農(nóng)業(yè)與生物科學研究中心》、波蘭《哥白尼索引》、荷蘭《文摘與引文數(shù)據(jù)庫》、《中國期刊全文專題數(shù)據(jù)庫》等文摘及數(shù)據(jù)庫收錄 。中國微創(chuàng)外科雜志北京大學2001年----------- 中國介入心臟病學雜志北京大學1993年***科技核心期刊 。中國血液凈化中華醫(yī)學會醫(yī)院管理學會***重點學術(shù)期刊、血液凈化專業(yè)類核心期刊、中國學術(shù)期刊綜合評價數(shù) 據(jù)庫統(tǒng)計源期刊、萬方數(shù)據(jù)資源系統(tǒng)全文收錄期刊、被“中文 生物醫(yī)學期刊文獻數(shù)據(jù)庫-CMCC”收錄 。中國斜視與小兒眼科雜志1993年自1996年起被編入《中國學術(shù)期刊光盤版》，1999年進入國家科技部“中國科技論文統(tǒng)計源期刊 。中華醫(yī)學科研管理雜志中華醫(yī)學會醫(yī)學科研管理學會1988年1999年12月，經(jīng)國務(wù)院新聞辦、國家新聞出版總署審核備案，本刊由《中國期刊網(wǎng)》、《中國學術(shù)期刊（光盤版）》全文收錄。同時，作為《中國學術(shù)期刊綜合評價數(shù)據(jù)庫》來源期刊全文收錄 。中國糖尿病雜志北京大學入選2001年“中國期刊方陣”之“雙效”期刊 。中華圍產(chǎn)醫(yī)學雜志中華醫(yī)學會1998年自2000年起被《中國核心期刊（遴選）數(shù)據(jù)庫》、《中國學術(shù)期刊（光盤版）》、《中國科學文獻引量評價研究中心》全文收錄。中國新生兒科雜志北京大學1986年為“中國科技論文統(tǒng)計源期刊”、“中國科技核心期刊” 。中華醫(yī)學教育雜志生理科學進展中國生理學會1957年入選《美國醫(yī)學索引》、《美國化學文摘》、中國科學引文數(shù)據(jù)庫、國家科技部中國科技論文統(tǒng)計源期刊、中文核心期刊要目總覽、中國生物醫(yī)學核心期刊、中國學術(shù)期刊（光盤版）、中國期刊網(wǎng)、萬方數(shù)據(jù)資源系統(tǒng)數(shù)字化期刊群等 。中國心理衛(wèi)生雜志中國疼痛醫(yī)學雜志醫(yī)院管理論壇
