吉首市共有所18中學。

其中城區(qū)內州屬公立中學2所，分別是湘西州民族中學和溶江中學；市屬公立中學6所，分別是吉首市一中、吉首市二中、吉首市民族中學、吉首市四中、吉首市鐵路中學、吉首市雅溪中學；私立中學1所，是湘西雅思實驗學校。鄉(xiāng)鎮(zhèn)中學有9所，分別是矮鎮(zhèn)中學、寨陽中學、雙塘中學、社塘坡中學、河溪中學、太平中學、丹青中學、馬頸坳中學。