北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院與清華大學(xué)部分專業(yè)合作辦學(xué)，兩校及其院系互不隸屬。 2001年創(chuàng)立的清華大學(xué)醫(yī)學(xué)院，于2009年開始招收第一屆八年制的“醫(yī)學(xué)藥學(xué)實(shí)驗(yàn)班”學(xué)生。

2013年改為招收“醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)班”，旨在培養(yǎng)具有創(chuàng)新能力和科研能力的新一代醫(yī)師科學(xué)家，而北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院主要培養(yǎng)優(yōu)秀的臨床醫(yī)生，兩者是不同的兩個(gè)實(shí)體。北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院的預(yù)科在清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院。 2007年5月，根據(jù)教育部、衛(wèi)生部共建協(xié)議，中國(guó)協(xié)和醫(yī)科大學(xué)正式更名為北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院，鑒于與清華大學(xué)緊密合作辦學(xué)的需要，同時(shí)使用

"北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院—清華大學(xué)醫(yī)學(xué)部

"的名稱。更名后仍為獨(dú)立法人單位，原隸屬關(guān)系、人員編制、資產(chǎn)關(guān)系和經(jīng)費(fèi)管理體制保持不變。 目前北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院的官方網(wǎng)站使用北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院和中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院的名字，學(xué)院可同時(shí)使用“北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院—清華大學(xué)醫(yī)學(xué)部”作為第二名稱，學(xué)校仍為獨(dú)立法人單位。 目前，北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院和清華大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)八年制臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)學(xué)生。北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院八年制臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)學(xué)生在清華大學(xué)進(jìn)行醫(yī)學(xué)預(yù)科階段的學(xué)習(xí)，前2.5年在清華大學(xué)生物系學(xué)習(xí)，后5.5年在北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院學(xué)習(xí)。北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院是教育部衛(wèi)生部認(rèn)可的具有授予臨床醫(yī)學(xué)博士的高等院校，八年制臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)的學(xué)生在整個(gè)學(xué)習(xí)期間，擁有清華大學(xué)，北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院雙重學(xué)籍，其學(xué)位證書蓋“北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院”公章，畢業(yè)證書加蓋“清華大學(xué)”、“北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院”兩個(gè)公章。