blosum矩陣的數(shù)值是怎么來的求高手給解答
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2024-08-01 15:43:23
Blosum矩陣是一種用于比對(duì)蛋白質(zhì)序列的替代矩陣。
它的數(shù)值是通過對(duì)已知的蛋白質(zhì)序列進(jìn)行比對(duì)和分析得出的。具體來說，Blosum矩陣的數(shù)值是通過統(tǒng)計(jì)已知的蛋白質(zhì)序列中的氨基酸替代情況來計(jì)算得出的。研究人員會(huì)收集大量的蛋白質(zhì)序列比對(duì)數(shù)據(jù)，并統(tǒng)計(jì)在比對(duì)過程中不同氨基酸之間的替代頻率。根據(jù)這些統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，可以計(jì)算出不同氨基酸之間的替代概率。
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模塊替代矩陣。矩陣中的每個(gè)位點(diǎn)的分值來自蛋白比對(duì)的局部塊中的替代頻率的觀察。每個(gè)矩陣適合特定的進(jìn)化距離。例如，在BLOSUM62矩陣中，比對(duì)的分值來自不超過62%一致率的一組序列。
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