一是課程安排不同。

醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)班前三年在清華進(jìn)行基礎(chǔ)課程、生物醫(yī)學(xué)和醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)課程（如人體解剖學(xué)、組織學(xué)、神經(jīng)解剖學(xué)、生理學(xué)、病理學(xué)、藥理學(xué)、醫(yī)學(xué)寄生蟲學(xué)、醫(yī)學(xué)免疫學(xué)等）學(xué)習(xí)。協(xié)和臨床前兩年半在清華生命科學(xué)院學(xué)習(xí)數(shù)理化課程和生物醫(yī)學(xué)課程。所以同為醫(yī)學(xué)專業(yè)，協(xié)和臨床兩年半預(yù)科要比醫(yī)學(xué)院的醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)班輕松，醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)班每學(xué)期都要完成三十學(xué)分的課程；而醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)班在數(shù)理化等基礎(chǔ)課上，則比協(xié)和臨床少了很多。二是時(shí)間安排上不同。大四大五醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)班分別在美國匹茲堡大學(xué)醫(yī)學(xué)中心和澳大利亞墨爾本大學(xué)醫(yī)學(xué)院做基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)科研。協(xié)和八年制回東單協(xié)和醫(yī)學(xué)院學(xué)習(xí)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)課程（如人體解剖學(xué)、組織學(xué)、神經(jīng)解剖學(xué)、生理學(xué)、病理學(xué)、藥理學(xué)、醫(yī)學(xué)寄生蟲學(xué)、醫(yī)學(xué)免疫學(xué)等），并分科室進(jìn)行住院醫(yī)訓(xùn)練。三是畢業(yè)證不同。醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)班畢業(yè)證上只有清華大學(xué)的章子，協(xié)和臨床八年制畢業(yè)證則是北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院和清華大學(xué)的雙章。兩者畢業(yè)生都是非常優(yōu)秀的，協(xié)和每年90個(gè)左右的招生規(guī)模，在協(xié)和醫(yī)學(xué)院你可能接觸到更厲害的醫(yī)學(xué)大拿，更雄厚校友資源更豐富。清華醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)班每年20個(gè)左右的招生規(guī)模，但中間兩年的公費(fèi)海外科研對(duì)一名優(yōu)秀醫(yī)生來說則是一條通往成功的捷徑。