協(xié)和本碩博連讀學(xué)制為八年，分為兩個(gè)階段：第一階段：醫(yī)學(xué)預(yù)科階段2.5年，在清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院進(jìn)行。

課程分為通識(shí)教育、專業(yè)教育、自主發(fā)展課程。學(xué)生根據(jù)要求選課。通識(shí)教育包括政治、體育、外語、文化素質(zhì)、軍事理論等課程。專業(yè)教育包括數(shù)學(xué)與統(tǒng)計(jì)課程群（微積分、線性代數(shù)、概率論等）、物理課程群（大學(xué)物理等）、化學(xué)課程群（無機(jī)與分析化學(xué)、有機(jī)化學(xué)等）、生物課程群（普通生物學(xué)、生物化學(xué)等）、生物醫(yī)學(xué)高級(jí)課程群（細(xì)胞生物學(xué)、遺傳學(xué)、免疫學(xué)等）、醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)課程群（醫(yī)學(xué)導(dǎo)論、醫(yī)學(xué)微生物學(xué)基礎(chǔ)等）、計(jì)算機(jī)科學(xué)課程群（計(jì)算機(jī)文化基礎(chǔ)、計(jì)算機(jī)程序設(shè)計(jì)基礎(chǔ)、計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)等）。自主發(fā)展課程包括生命科學(xué)類和多學(xué)科交叉課程群等。第二階段：醫(yī)學(xué)階段5.5年，在北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院完成；包括1.5年基礎(chǔ)學(xué)院學(xué)習(xí)，3年4個(gè)月臨床學(xué)院學(xué)習(xí)和見實(shí)習(xí)，8個(gè)月專科高階實(shí)習(xí)/科研強(qiáng)化訓(xùn)練（自選模塊），以及貫穿全程的學(xué)術(shù)能力構(gòu)建課程。醫(yī)學(xué)階段課程包括通識(shí)教育、專業(yè)教育、自主發(fā)展課程。通識(shí)教育包括政治、外語、美育課程。專業(yè)教育包括人文社會(huì)科學(xué)與行為科學(xué)（醫(yī)學(xué)倫理學(xué)、醫(yī)學(xué)心理學(xué)等）、生物醫(yī)學(xué)（人體結(jié)構(gòu)功能學(xué)、疾病機(jī)理與藥理學(xué)、局部解剖學(xué)、醫(yī)學(xué)微生物學(xué)、寄生蟲學(xué)、醫(yī)學(xué)免疫學(xué)、醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)、病理解剖學(xué)等）、公共衛(wèi)生課程（醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)、流行病學(xué)、社會(huì)醫(yī)學(xué)等）、臨床醫(yī)學(xué)（診斷學(xué)、內(nèi)科學(xué)、外科學(xué)、婦產(chǎn)科學(xué)、兒科學(xué)、神經(jīng)病學(xué)、中醫(yī)學(xué)、眼科學(xué)、耳鼻喉科學(xué)、口腔科學(xué)、皮膚科學(xué)、急診醫(yī)學(xué)、精神病學(xué)、臨床藥理學(xué)、臨床腫瘤學(xué)等，含見實(shí)習(xí)）、科學(xué)方法教育（科研導(dǎo)論、循證醫(yī)學(xué)等）。自主發(fā)展課程包括專業(yè)選修課程和研究生課程。