分子對(duì)接的目的是:找到底物分子和受體分子最佳結(jié)合位置及其結(jié)合強(qiáng)度,最終可以獲得配體和受體的結(jié)合構(gòu)象,但這樣的構(gòu)象可以有很多,一般認(rèn)為自由能最小的構(gòu)象存在的概率最高。
搜尋最佳構(gòu)象就要用到構(gòu)象搜索方法,常用的有系統(tǒng)搜索法和非系統(tǒng)搜索法。系統(tǒng)搜索法通過改變每個(gè)扭轉(zhuǎn)角評(píng)估所有可能的結(jié)合構(gòu)象,進(jìn)而選取能量最低的。這一方法計(jì)算量非常大。因此通常使用非系統(tǒng)搜索法來尋找能量較低構(gòu)象,常用方法有:分子動(dòng)力學(xué)方法、隨機(jī)搜索、遺傳算法、距離幾何算法等。隨機(jī)搜索又包括完全隨機(jī)算法、蒙特卡羅法和模擬退火法等。