制藥工程主要主干課程有：有機化學、生物化學、物理化學、化工原理、制藥工程、藥物合成反應、藥物化學、藥理學、藥劑學、天然藥物化學、應用光譜解析、制藥工藝學、藥用高分子材料、制藥分離工程、藥物分析、制藥裝備與車間設計、藥事管理學、藥品營銷等。
部分中藥制藥學科還包括藥用植物學，中藥學，方劑學，中藥化學，中藥藥劑學，中藥制劑分析，中藥藥理學。部分農藥制藥工程學科要學習植物學，農藥學。主要實踐性教學環(huán)節(jié)：制藥工程基礎實驗、認識實習、生產實習、課程設計、畢業(yè)論文或設計、計算機應用及上機。主要專業(yè)實驗：化學制藥、天然產物制藥、中藥制藥為主的制藥工程類實驗等。
