菏澤學(xué)院有23個(gè)院系，具體是：馬克思主義學(xué)院、政法學(xué)院、教師教育學(xué)院、體育與健康學(xué)院、人文與新聞傳播學(xué)院、外國(guó)語(yǔ)學(xué)院、數(shù)學(xué)與統(tǒng)計(jì)學(xué)院、物理與電子工程學(xué)院、化學(xué)化工學(xué)院、農(nóng)業(yè)與生物工程學(xué)院（牡丹學(xué)院）、機(jī)電工程學(xué)院、計(jì)算機(jī)學(xué)院、城市建設(shè)學(xué)院、藥學(xué)院、商學(xué)院、音樂(lè)與舞蹈學(xué)院、美術(shù)與設(shè)計(jì)學(xué)院、創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)學(xué)院、繼續(xù)教育學(xué)院、遠(yuǎn)程教育學(xué)院（菏澤學(xué)院培訓(xùn)中心）、單縣分校、鄆城分校、東校區(qū)教學(xué)部。