菏澤學院有23個院系，具體是：馬克思主義學院、政法學院、教師教育學院、體育與健康學院、人文與新聞傳播學院、外國語學院、數(shù)學與統(tǒng)計學院、物理與電子工程學院、化學化工學院、農(nóng)業(yè)與生物工程學院（牡丹學院）、機電工程學院、計算機學院、城市建設學院、藥學院、商學院、音樂與舞蹈學院、美術(shù)與設計學院、創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)學院、繼續(xù)教育學院、遠程教育學院（菏澤學院培訓中心）、單縣分校、鄆城分校、東校區(qū)教學部。